[BioRuby-ja] FlatFile blat parser

[Naohisa GOTO]

後藤です。

> blatの出力に区切りが無いとはいえ、同じqueryの結果は続けてでて来ますので
> FlatFileとしての処理時は同じqueryの名前が続く
> 範囲を以て１つのentryとして返してくれると便利ということで
> flatfile_splitterをつけてみました。

昨年からその方向性で行きたいと考えていました。

ただ、flatfile_splitterの仕組みを、もうすこし洗練させたい、
(たとえば、パッチではBlatSplitter内で @entry_pos_flag を見たり
@posを設定している部分がありますが、こういうのはもっと上の階層で
面倒を見るようにしたい)
というのがあるので、すこし考えさせてください。

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後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)