[BioRuby-ja] FlatFile blat parser

[Toshiaki Katayama]

西山さん

On 2007/08/23, at 12:10, Tomoaki NISHIYAMA wrote:
> blatの出力に区切りが無いとはいえ、同じqueryの結果は続けてでて来ますので
> FlatFileとしての処理時は同じqueryの名前が続く
> 範囲を以て１つのentryとして返してくれると便利ということで
> flatfile_splitterをつけてみました。

ありがとうございます。

> また、全部一括システムで全てをHashに押し込んで同じqueryのhit毎に処理すると、
> 百数十MBytesのpslファイルを処理するのに
> 数GBytes以上のメモリーが必要になっていたのですが、
> ずっと少ないメモリーで処理出来るようになります。

試していないのですが、良さそうですね。

後藤さん、パッチの取り込みを検討して頂けますか？

片山