[BioRuby-ja] FlatFile blat parser
Naohisa GOTO
ngoto @ gen-info.osaka-u.ac.jp
2007年 8月 24日 (金) 09:05:23 UTC
後藤です。
> blatの出力に区切りが無いとはいえ、同じqueryの結果は続けてでて来ますので
> FlatFileとしての処理時は同じqueryの名前が続く
> 範囲を以て1つのentryとして返してくれると便利ということで
> flatfile_splitterをつけてみました。
昨年からその方向性で行きたいと考えていました。
ただ、flatfile_splitterの仕組みを、もうすこし洗練させたい、
(たとえば、パッチではBlatSplitter内で @entry_pos_flag を見たり
@posを設定している部分がありますが、こういうのはもっと上の階層で
面倒を見るようにしたい)
というのがあるので、すこし考えさせてください。
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後藤 直久 ngoto @ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)
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