<div dir="ltr"><div><div>Hi Haiyan,<br><br></div>You need to use the &#39;-fh&#39; option in Bio::SeqIO new and have it use Perl&#39;s DATA filehandle like so:<br>my $in = Bio::SeqIO-&gt;new(-fh =&gt; \*DATA, -format =&gt; &#39;fasta&#39;);<br>
<br>This was taken from <a href="http://perldoc.perl.org/perldata.html#Special-Literals">http://perldoc.perl.org/perldata.html#Special-Literals</a>:<br>&quot;Text after __DATA__ may be read via the filehandle <code class=""><span class="">PACKNAME::DATA</span></code>
,
where <code class=""><span class="">PACKNAME</span></code>
 is the package that was current when the __DATA__
token was encountered.&quot;<br><br><br></div>Good luck,<br><br>Paul<br><div><br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div>Paul Cantalupo<br>University of Pittsburgh<br></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 12, 2014 at 8:35 AM, Haiyan Lin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:linhy0120@gmail.com" target="_blank">linhy0120@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hill, dear perlers,<br>
<br>
I‘m trying to use Bio::SeqIO to read Fasta sequence from pipe, or @ARGV,<br>
like &quot;while (&lt;&gt;) {....}&quot;. After several trier and error,  I&#39;m failed and<br>
need to ask for herp from you. Could you please help me to check or try<br>
following code?<br>
<br>
Thanks in advance.<br>
<br>
---------------------------------------<br>
use Bio::SeqIO ;<br>
use Statistics::Descriptive ;<br>
<br>
my %opt = () ;<br>
my $sta = Statistics::Descriptive::Full-&gt;new();<br>
<br>
##### here is the key， I think.<br>
my $in = Bio::SeqIO-&gt;new(-format=&gt;&quot;Fasta&quot;);<br>
while(my $s = $in-&gt;next_seq()){<br>
    $sta-&gt;add_data($s-&gt;length()) ;<br>
}<br>
print $sta-&gt;sum() if $opt{sum} ;<br>
<br>
__DATA__<br>
&gt;ct1<br>
AGAGAGAGA<br>
&gt;ctg2<br>
ATATATAT<br>
-----------------------------------------------<br>
<br>
Regards<br>
<br>
Haiyan<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Bioperl-l mailing list<br>
<a href="mailto:Bioperl-l@mailman.open-bio.org">Bioperl-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/bioperl-l</a></blockquote></div><br></div>