sxl@ubuntu:~/perl$ perl pal2nalw.pl

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: Could not open Bio::SimpleAlign=HASH(0xa316c90): No such file or directory
STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/share/perl5/Bio/Root/Root.pm:368
STACK: Bio::Root::IO::_initialize_io /usr/share/perl5/Bio/Root/IO.pm:341
STACK: Bio::AlignIO::_initialize /usr/share/perl5/Bio/AlignIO.pm:386
STACK: Bio::AlignIO::clustalw::_initialize /usr/share/perl5/Bio/AlignIO/clustalw.pm:103
STACK: Bio::AlignIO::new /usr/share/perl5/Bio/AlignIO.pm:312
STACK: Bio::AlignIO::new /usr/share/perl5/Bio/AlignIO.pm:333
STACK: pal2nalw.pl:36
-----------------------------------------------------------