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<body>

Hello all --<br><br>

I'm having a devil of a time figuring out how to make restriction maps

using BioPerl.&nbsp; What I'm going for is output similar to GCG's map

program, but instead of using a set of defined restriction enzymes, I'd

like to use a set of primers, to create a primer map rather than a

restriction map.&nbsp; I do not need a table of restriction enzymes that

cut or don't cut (or primers that match or don't match, in this case),

but an honest-to-goodness map, something like:<br><br>

<font face="Courier New, Courier">

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

FKP-5-&gt;<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CGTTCTATCGATATGGGTGCTATGGAAATAGTATCTACGTTTGATGAATTGCAAGATTAT<br>

1921 ---------+---------+---------+---------+---------+---------+

1980<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

GCAAGATAGCTATACCCACGATACCTTTATCATAGATGCAAACTACTTAACGTTCTAATA<br>

&nbsp;<br>

a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

M&nbsp; E&nbsp; I&nbsp; V&nbsp; S&nbsp; T&nbsp; F&nbsp; D&nbsp; E&nbsp;

L&nbsp; Q&nbsp; D&nbsp; Y&nbsp;&nbsp; -<br><br>

</font>I also need translations of orfs, but I can use GenBank files as

input to the program and thus the CDS translations are already there, so

I'm guessing that shouldn't be too hard....&nbsp; How does one create

such a map using the BioPerl modules?<br><br>

There are intriguing indications out there that such a thing is possible

(e.g. the Bio::Map:: * and Bio::Restriction:: * modules), but I can't

find a single example of code that creates such a basic, bread-and-butter

thing as a restriction map with orf translations.&nbsp; The documentation

to these modules is fairly useless to me, consisting mostly of internal

methods and function prototypes.&nbsp; Perhaps my skills as a Perl

programmer are to blame, but a clear example of how a map like this is

constructed would be a big help.<br><br>

Right now, I'm generating primer maps with system calls to EMBOSS's

remap, pointing it at a file of primer sequences rather than a file of

restriction enzyme sequences, but the results are less than

desired.&nbsp; I'm considering trying to adapt tacg 4.1.0 or sequence

extractor 1.1 web-based code to my needs, but this seems like a lot of

work for an operation I suspect is possible in BioPerl.<br><br>

Any help greatly appreciated...<br><br>

Mike<br>

<x-sigsep><p></x-sigsep>

<font face="Courier, Courier">

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&nbsp;//=\&nbsp;&nbsp; Michael J.

Coyne&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

phone: (617) 525-7820<br>

&nbsp;\=//&nbsp;&nbsp; Channing

Laboratory&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

FAX:&nbsp;&nbsp; (617) 264-5193<br>

&nbsp; //=\&nbsp; EBRC, Room 617<br>

&nbsp; \=//&nbsp; 221 Longwood

Avenue&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

email:mcoyne@channing.harvard.edu<br>

&nbsp;&nbsp; //=\ Boston, MA

02115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

mjcoyne@comcast.net<br>

&nbsp;&nbsp; \=// <br>

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</font></body>

</html>