
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <title></title>

</head>

<body>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=ISO-8859-1">

<title></title>

<br>

          Hello,<br>

 I am currently working with gbrowse to integrate/display various rice annotations 

on TIGR pseudo-chromosomes. Everything is working well and I try to play with

<br>

 the ideogram.pm module to draw chromosomes (from a previously email posted 

from Lincoln Stein)<br>

 <br>

 When I use this module centromeres and cytobands were not aligned. <br>

 <br>

 Any help will be welcome !!!!<br>

 <br>

 Here the picture and the GFF source I worked with<br>

 <br>

 Thanks,<br>

 <br>

 Gaetan Droc<br>

 <br>

 <br>

 GFF source<br>

 <br>

 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; TIGR&nbsp;&nbsp;&nbsp; cytoband&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp; +&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp; CytoBand B3; Stain 

gpos25<br>

 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; TIGR&nbsp;&nbsp;&nbsp; cytoband&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16000001&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp; +&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp; Centromere 

Chr1<br>

 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; TIGR&nbsp;&nbsp;&nbsp; cytoband&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18000001&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42904173&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp; +&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp; CytoBand 

B2; Stain gpos25<br>

 <br>

 Picture<br>

<img src="cid:part1.06040206.09080609@cirad.fr" alt="Chromosome"

 width="720" height="93">

<br>

</body>

</html>