[Bioperl-l] bp_genbank2gff.pl bug

Scott Cain scott at scottcain.net
Wed Nov 9 16:12:02 UTC 2011


Hi Angel,

I would suggest using bp_genbank2gff3.pl, as it is more actively
maintained; the bp_genbank2gff.pl script hasn't really been touched in many
years, and I imagine it's suffering from some serious code rot.

Scott


2011/11/9 Angel Zaballos <azaballos at isciii.es>

> Running bp_genbank2gff.pl got this:
>
> [root at localhost zaballos]# bp_genbank2gff.pl -stdout -accession
> AAXT01000001.1 > babesichr3.gff
> Replacement list is longer than search list at
> /usr/share/perl5/Bio/Range.pm line 251.
>
>
>
> Ángel Zaballos
> Unidad de Genómica
> Centro Nacional de Microbiología-ISCIII
> Carretera Majadahonda-Pozuelo, Km 2,2
> 28220-Majadahonda
>
> Tel: 918223994
> mail:  azaballos at isciii.es
>
>
>
>
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