[Bioperl-l] bp_genbank2gff.pl bug

[Fields, Christopher J]

Scott,

Do we want to add that caveat to the bp_genbank2gff.pl documentation (or remove it altogether)?

chris

On Nov 9, 2011, at 10:12 AM, Scott Cain wrote:

> Hi Angel,
> 
> I would suggest using bp_genbank2gff3.pl, as it is more actively
> maintained; the bp_genbank2gff.pl script hasn't really been touched in many
> years, and I imagine it's suffering from some serious code rot.
> 
> Scott
> 
> 
> 2011/11/9 Angel Zaballos <azaballos at isciii.es>
> 
>> Running bp_genbank2gff.pl got this:
>> 
>> [root at localhost zaballos]# bp_genbank2gff.pl -stdout -accession
>> AAXT01000001.1 > babesichr3.gff
>> Replacement list is longer than search list at
>> /usr/share/perl5/Bio/Range.pm line 251.
>> 
>> 
>> 
>> Ángel Zaballos
>> Unidad de Genómica
>> Centro Nacional de Microbiología-ISCIII
>> Carretera Majadahonda-Pozuelo, Km 2,2
>> 28220-Majadahonda
>> 
>> Tel: 918223994
>> mail:  azaballos at isciii.es
>> 
>> 
>> 
>> 
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> Scott Cain, Ph. D.                                   scott at scottcain dot
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> GMOD Coordinator (http://gmod.org/)                     216-392-3087
> Ontario Institute for Cancer Research
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