[Bioperl-l] Phylo/Phylip/Consense
Jose .
joseguillin at hotmail.com
Tue Mar 23 17:30:44 UTC 2010
Hello,
I'm trying to use Phylo/Phylip/Consense, but I get the following message:
------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: SeqBoot did not create files correctly (/var/folders/+s/+srMEKriEiWM+Q7Qleiti++++TI/-Tmp-/v3no1dYNqE/outfile)
STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.10.0/Bio/Root/Root.pm:357
STACK: Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot::_run /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/SeqBoot.pm:389
STACK: Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot::run /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.10.0/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/SeqBoot.pm:339
STACK: INDELVOLUTION_5.1consensus.pl:492
-----------------------------------------------------------
My code is a modification of the code I found at http://search.cpan.org/~cjfields/BioPerl-run-1.6.1/Bio/Tools/Run/Phylo/Phylip/Consense.pm
use Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense;
use Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot;
use Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist;
use Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor;
use Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree;
my $aio = Bio::AlignIO->new(-file =>'yeah.clustalw', -format=> 'clustalw');
my $aln = $aio->next_aln;
my ($aln_safe, $ref_name)=$aln->set_displayname_safe();
#next use seqboot to generate multiple aligments
my @params = ('datatype'=>'SEQUENCE','replicates'=>10);
my $seqboot_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::SeqBoot->new(@params);
my $aln_ref= $seqboot_factory->run($aln);
#my $aln_ref= $seqboot_factory->run($aln_safe);
#next build distance matrices and construct trees
my $pd_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::ProtDist->new();
my $ne_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Neighbor->new();
my @tree;
foreach my $a (@{$aln_ref}){
my $mat = $pd_factory->create_distance_matrix($a);
push @tree, $ne_factory->create_tree($mat);
}
#now use consense to get a final tree
my $con_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense->new();
#you may set outgroup either by the number representing the order in
#which species are entered or by the name of the species
$con_factory->outgroup(1);
my $tree = $con_factory->run(\@tree);
# Restore original sequence names, after ALL phylip runs:
my @nodes = $tree->get_nodes();
foreach my $nd (@nodes){
$nd->id($ref_name->{$nd->id_output}) if $nd->is_Leaf;
}
#now draw the tree
my $draw_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::DrawTree->new();
my $image_filename = $draw_factory->draw_tree($tree);
And my yeah.clustalw file is OK:
CLUSTAL W(1.81) multiple sequence alignment
A/1-474 G---CGGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGGAGTCC-----TATATC-CTA----C
B/1-452 G---CCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGGAGTCC-----TATATC-CTA----C
C/1-466 G---CCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGGAGTCC-----TATATC-CTA----C
D/1-476 G---CCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGGA-------------TC-CTA----C
E/1-439 G---CCGTGGGAGA------TGAGGAACCTGAGGTAGTCC-----TATATCTCTAGCGGC
F/1-434 G---CCGTGGGAGA------TGAGGAACCCGAGG---TCC-----TATATCTCTAGCGGC
G/1-462 G---CCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGTA---------------TCTAGCGGC
H/1-466 G---CCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGTAGTCC--------ATCTCTAGCGGC
I/1-462 GCTGCCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCGGAGGTAGTCCGGTATTATATCTCTA----C
J/1-447 GCTGCCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCGGAGGTAGTCCGGTATTATATCTCTA----C
K/1-448 G---CCGTGGGAGAGCA-CATGAGGAACCCGAGGTAGTCCGGT---ATATCTCGA----C
L/1-431 G---CCGTGGGAGAGCA-CATGAGGAACCCGAGGTAGTCCGGT---ATATCTCTA----C
M/1-432 G---CCGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGTTGTCCGGTATTATATCTCTA----C
N/1-422 G---CC------GAGCAACATGAGGAAC---AGGTTGTC---TATTATATCTCTA----C
O/1-441 G---CAGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGTTGTCCG--------TCTCTA----C
P/1-446 G---CAGTGGGAGAGCAACATGAGGAACCCGAGGTTGTCCG--------TCTCTA----C
* * ** ******** *** * * *
A/1-474 GCATCGCGGCCCTTGTC-GCTCCCACCCA--CCATC---GACGGC-ACA--TTTGCTTGT
B/1-452 GCAT----------GTC-GCTC---------CCATCGCTGACGGC-ACATCTTTG---GT
C/1-466 GCATCGCGGCCCTTGTC-GCTCCCACCCATCCCATCGCTGACGGC-ACA-----GCTTGT
D/1-476 GCATCGCGGCCCTTGTC-GCTCCCACCCATCCCATCGCTGACGGC-ACA-----GCTTG-
E/1-439 GCA-CGCGGCCCT--TC-GCTT---CCCATCCCATCGCTGACGGC-ACATCT----TTGT
F/1-434 GCA-CGCGGCCCT--TCCGCTT---CCCATCCCATCGCTTACGGC-ACATCTTTGCTTGT
G/1-462 GCATCGCGGCCCT--TC-GCTC---CCCATCCCATCGCTGACGTC-ACATCTTTG-TTGT
H/1-466 GCATCGCGGCCCT--TC-GCTC---CCCATCCCATCGCTGACGGC-ACATCTTTGCTTGT
I/1-462 GCAT-CCGGCCCTTGTC-GCTCCCA------CCATCGCTGACGGC-ACAT--TTGCTTGT
J/1-447 GC------GCCCTTGTC-GCTCCCA---------TCGCTGACGGC-ACATCTTTGCTTGT
K/1-448 GCATCC----CCTTGTC-GCTCCCA------CCATCGCTGACGGC----TCTTTGCTTGT
L/1-431 GCATCC----CCTTGTC-GCTCCCA------CCATCGCTGACGGC----TCTTTGCTTGT
M/1-432 GCATC---GCCCTTGTC-GCTCCCA------CCATCGCTGAC-GC-ACATC-TTGCTTGT
N/1-422 GCATC---GCCCTTGTC-GCTCCCA------CCATCGCTGACAGCAACATCTTTGCTTGT
O/1-441 GCATC---GCCCTTGTC-GCTCCCA------CCATCTCTGACGGC-ACATCTTTGCTTGT
P/1-446 GCATC---GCCCTTGTC-GCTCCCA------CCATCTCTGACGGC-ACATCTTTGCTTGT
** ** *** ** ** * *
A/1-474 ACGAGATTGCTTTCACACTA-TCTATTGTTCGGGTACCGAGAGTCGGCGGTGAATACATC
B/1-452 ACGAGATTGCGTTCACACTA-TCCATTGTTCGGGTACCGAGAGTC-GCGGTGAATACATC
C/1-466 ACGTG--TGCGTTCCCACTAATCCATTGTTCGGGTAACGAGAGTCGGCGGTGAATACATG
D/1-476 -CGTGATTGCGTTCCCACTAATCCATTGTTCGGGTAACGAGAGTCGGCGGTGAATACATC
E/1-439 ACGTGATTGCG----CA--AATCCATTGT---GGTACCGAGAGTCGGCGGTGAACT---C
F/1-434 ACGTGATTGCG----CA--AATCCATTGTTCGGGTACCGAGAGTCG-----GAACT---C
G/1-462 ACGT----GCGTTCCCA--AATCCATTGTTCGGGTACCGAGAGTCGGCGGTGAACT---C
H/1-466 ACGT-------TTCCCA--AATCCAT---TCGGGTACCGAGAGTCGGCGGTGAACT---C
I/1-462 ACGTGATTGC--TCCCACCAATCCAT-GTTCGGGTACCGAGAGTCGGCGGTGAACTCATC
J/1-447 ACGTGATTGC--TCCCACTAATCCAT-GTTCGGGTACCGA-----------GAACTCATC
K/1-448 ACGTGATTGC--TCCCACTAATCCACTG--------CCGAGAGTCGGCGGTG---CCATC
L/1-431 ACGTGATTGC--TC------ATC--TTGTTCGGGTACCGA-----GGCGGTGAACTCATC
M/1-432 ACGTGATTGC--TCCCACTAATCC----TTCGGGTACCAAGAGTCGGCGGTGAACTCATC
N/1-422 ACGTGATTGC--TCCCACTAATCC----TTCGGGTACCAAGAGTCGGCGGTGAACTCATC
O/1-441 ACGTGATTGC--TCCCACTAATCCAT--TTCGGGTACCGAGAGTCGGCGGTGAACTCATC
P/1-446 ACGTGATTGC--TCCCACTAATCCATTG--CGGGTACCGAGAGTCGGCGGTGAACTCATC
** ** * * *
A/1-474 TCCGGAG--AAGTGTGCTAACCACAGTG--GAACGTATAATGCTGATCCCGCTTGTTT--
B/1-452 TCCGGAG--AA--GTGCTAACCACAGTG--GAACGTATAATGCTGAT-CCGCTT-TTT--
C/1-466 TCCGGAG--AAGTGTGCTAACCACAGTG--GAAAGTATAATGCT-----------TTT--
D/1-476 TCCGGAG--AAGTGT---AACCACAGTG--GAAAGTATAATGCTGATCCCGCTTGTTT--
E/1-439 TCCGG-----AGTGTGG-AACCACAGTG--GAACGTATAATGC--ATCTCGCGTGTTT--
F/1-434 TCCGG-----AGTGTGGTAACCACAGTG--GAACGTATAATGC--ATCCCGCGTGTTT--
G/1-462 TCCGGAG--AAGTGTGGTAACCACAGTG--GAACGTATAATGC--ATC--GCGTGTTT--
H/1-466 TCCGGAG--AAGTGTGGTAACCACAGT----AACGTAT-ATGC--ATCCCGCGTGTTT--
I/1-462 TCCGGAG--AAGTGTGGTAACCACAGTGCCGAAC--ATAATGC--ATCCCGCGTGTTTGC
J/1-447 TCGGGAG--AAGTGTGCTAACCACAGTGCCGAAC--ATAATGC--ATCCCGCGTGTTTGC
K/1-448 TCCGGAG--AAGTGTGGTAACCACAGTGCCGAAC--ATAATGC--ATCCCGCGTGTTTGC
L/1-431 TCCGGAG--AAGTGTG----CCACAGTGCCGAAC--ATAATGC--ATC--GCGTGTTTGC
M/1-432 TCCGGAGGAAAGTGTGGTAACCACAGTG--GAAC---------------CGC----TTCC
N/1-422 TCCGGAG--AAGTGTGGTAACCACAGTG--GAAC---------------CGC----TTCC
O/1-441 TCCGGAG--AAGTGTGGTAACCACAGTG--GAAC---------------CGCGTGTTTCC
P/1-446 TCCGGAG--AAGTGTGGTAACCACAGTG--GAAC---------------CGCGTGTTTCC
** ** * ** ******* ** **
A/1-474 --CTGTACCTAAAGTTCACCGGGTAGAGCC-----ATGTAC-CCGAGGACAACTAACAGT
B/1-452 --CTGTACCTAAAGTTCACCGGGTAGAGCC-----AGGTAC-CCGAGGACAACTAACAGT
C/1-466 --CTGTACCTAAAGTTCACCGGGTAGAGCCTCGTCATGTAC-CCG-----AACTAACAGT
D/1-476 --CTGTACCTAAAGTTCACCGGGTAGAGCC-----ATGTAC-CCGAGGACAACTAACAGT
E/1-439 --CCGTACCTAAAGTT------GTAGGGCC-----ATGTACACCGAGGACAACTAACAGT
F/1-434 --CCGTACCTAAAGTT-----GGTAGGGCC-----ATGTACACCGAGGACAACTAACAGT
G/1-462 --CCGTACCTAAAGTTCTCC--GTAGGGCC-----ATGTACACCGAGGACAACTAACAGT
H/1-466 --CCGTACCTAAAGTTCACCGGGTAGGGCC-----ATGTACACCGAGGACAACTAACAGT
I/1-462 GATCGTACCTAAAGTTCACC--------CC-----A-------CGAG----ACTAACAG-
J/1-447 GATCGTACCTAAAGTTCACCG-GTAGCGCC-----A-------CGAG----ACTAACAG-
K/1-448 GATCGTACCTAAAGTTCACCG-GTAGCGCC-----A-------CGAG----ACTAACAGT
L/1-431 GATCGTACCTAAAGTTCACCG-GTAGCGCC-----A-------CGAG----ACTAACAGT
M/1-432 GACCGTACCT-----T-ACCG-GTAGCGCC-----ATGTACACCGAGC---ACTA----T
N/1-422 GACCGTACCT-----TCACCG-GTAGTGCC-----ATGTACACCGAGC---ACTAACAGT
O/1-441 GACCGTACCT-----TCACCG-GTAGCGCC-----ATGTACACCGAGC---ACTAACAGT
P/1-446 GACCGTACCT-----TCACCG-GTAGCGCC-----ATG---ACCGAGC---ACTAACAGT
****** * ** * ** ****
A/1-474 GATCCTCA----TCTAAGCGCCGCTTCAGGAC----ATTGCCACGTCTACATCG------
B/1-452 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGCTTCAGGCC----ATTGCCACGTCTACATCG------
C/1-466 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGCTTCAGGAC----ATTACCACGTCTACATCGTTTCAT
D/1-476 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGCTTCAGGAC----ATTACCACGTCTACATCGTTTCCT
E/1-439 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGC---AGGAC----ATTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
F/1-434 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGC---AGGACTTTTATTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
G/1-462 GATCCTCACAATTTTAAGCGCCGC---AGGAC----ATTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
H/1-466 GATCCTC-CCATTTTAAGCGCCGC---AGGAC----ATTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
I/1-462 ---CCTCA----TTTAAGCGCCGCTGCAGGAC----ATTGCCACGTCTACATC---TCAT
J/1-447 ---CCTCA----T-TAAGCGCCGCTGCAGGAC----ATTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
K/1-448 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGCTGCAGG-------TTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
L/1-431 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGCTGC----------TTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
M/1-432 GATC--CA----TTTAAGCGCCGCTGCAGG--------TGCCACGTCTACATCGTTTCAT
N/1-422 GATC--CA----TTTAAGCGCCGCTGCAGGAA----ATTGCCACGTCTACATCGTTTCAT
O/1-441 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGCTGCAGGAC----ATTGCC--GTCTACATCGTA----
P/1-446 GATCCTCA----TTTAAGCGCCGCTGCAGGAC----ATTGCC--GTCTACATCGTTTCA-
* * * ********** * ** *********
A/1-474 -CATCTACTCTT--AGGCAGCAACAATTTGTCTCGTTCGACGTACAG--CGAAC--ATGT
B/1-452 -CATCTACTCTT--AGGCAGCAACAATT-GTCTCGTTCGATGTACAG--CGAAC--ATGT
C/1-466 TCATCTACTTTT--AGCCAGCAACAATTTGTCTCGTAGGATGTACAG--CGAACATA---
D/1-476 TCATCTACTTTT--AGCCAGCAACAATTTGTCTCGTAGGATGTACAG--CGAACATA---
E/1-439 TCATCTACTTTT--AGGCAGCAACA---TGTATCGTACGATGTACAG--CGAACATATGT
F/1-434 TCATCTACTTTT--AGGCAGCAACA---TGTATCGTACGATGTACAG--CGAA------T
G/1-462 TCATCTACTTTT--AGGC-GCAACAATCTGTATCG-ACGATGTAC-G--CGAACATATGT
H/1-466 TCATCTACTTTT--AGGC-GCAACAATCTGTATCG-ACGATGTAC-G--CGAACATATGT
I/1-462 TCACCTACTTTT--AGGGAGCAACAATCTGTATCC---G--GTACAGACCGAACATAGGA
J/1-447 TC----AC-TTT--AGGGAGCAACAATCTGTATCC---G--GTAC---CCGAACATAGGT
K/1-448 TCACCTACTTTT--AGGCAGCAACAATCT--ATCC---G--GTAC-GACCGAACATAGGT
L/1-431 TCACCTACTTTT--AGGCAGCAACAATCT--ATCC---G--GTAC-GACCGAACATAGGT
M/1-432 TCATTTACT-----AGGCAGCAACAATCTGTATC--------TATAGACCGAGCATATGT
N/1-422 TCATCTACT-----AGGCAGCAACAATCTGTATCC---G--GTATAGACCAAGCATATGT
O/1-441 ------ACTTTT--AGGCAGCAAC--TCTGTATCC---G--GTATAGACCGAACATATGT
P/1-446 ------ACTTTTTGAGGCAGCAAC--TCTGTATCC---G--GTATAGACCGAACATATGT
** ** ***** ** ** * *
A/1-474 GGGGCGTAAGACCAAAGTT--TATCGTTGGCCTTATTCGACCCAA-CAATTCGCGGATA-
B/1-452 GGGGCGTAAGACCAAAGTT--TATCGTTGGCCTTATTCGACCCAA-CAATTCGCGGATA-
C/1-466 TGGGCGTAAGACCAAAGTTGAT--CGTTGG---TATTCGACCCAATCAAGTCGCG-----
D/1-476 TGGGCGTAAGACCAAAGTTGAT--CGTGGGCCTTATTCGACCCAATCAATTCGCG---A-
E/1-439 T----GTAAGACCAAAGTT--TATCGTTGG---TATTTGACCCAGGCAATTCGCGGATA-
F/1-434 T----GTAAGACCAAAGTT--TATCGTTGG---TATTTGACCCAGGCAATTCGCGGATA-
G/1-462 T--GCGTAAGACCAAAGTT--TATCGTTGGCCTTATTTGACC----CAATTCGCGGGTA-
H/1-466 T--GAGTAAGACCAAAGTT--TATCGTTGGCCTTATTTGACC----CAATTCGCGGGTA-
I/1-462 TGTGCTTAAGACCAAAGTT--TATCGTT------ATATGACCCAAGCAATTCGCGGATA-
J/1-447 -GTGCTTAAGACCAAAGTT--TATCGTT------ACATGACCCAAGCAATTCGCGGATA-
K/1-448 TGGGCGCAAGACCAAAGTT--TATCGTT------ATTTGACCCAAGCAATTCGCGGATAC
L/1-431 TGGGCGCAAGACCAAAGTT--TATCGTT------ATTTGACCCAAGCAATTCGC-GATA-
M/1-432 TGGGCGTAAGACCAAAGTT--TATCGTTGGCTTT----GACCCAAGCAAT--GC------
N/1-422 TGGGGGTAAGACCAA-------------GGCTTT----GACCCAAGCAAT--GC------
O/1-441 TGGGCG-AAGACCAAAGTT--TATCGATGGCCTTATTTGACCCAAGCAAT--GCGGATA-
P/1-446 TGGGCG-AAGACCAAAGTT--TATCGATGGCCTTATTTGACCCAAGCAAT--GCGGATA-
******** **** *** **
A/1-474 -A--AT-------TTATTCATTATTACCACTGATCAC--CCTG-CACCTATGCGGTTT--
B/1-452 -A--ATCCCGTCTTTATTC------ACCACTGATCAC--CCTG-CAC--ATGCGGTTT--
C/1-466 -----TCCCGTCTTTATTCATTATAACCACTGATCAC--CCTGGCAC--ATGCGCTTT--
D/1-476 -A--ATCCCGTCTTTATTCATTATAACCACTGATCACGACCTGGCAC--ATGCGCTAT--
E/1-439 -A---TCCCGTCTTTATT--TTTTTAGC-CTGATCTC--CCTGGCAC--AT---------
F/1-434 -A---TCCCGTCTTTATTCATTTTTACC-CTGATCTC--C---------AT---------
G/1-462 -A--ATCCCGTCTTTATTCATTATAACC-CTGATCTC--CCTGGCAC--ATGCGGTTA--
H/1-466 -A--ATCCCGTCTTTATTCATTATAACC-CTGATCTC--CCTGGCAC--ATGCGGTTA--
I/1-462 -AGGATCCTGT--TTATTCTTTATAACC-CTGATCAC--CCTGGCAT--ATGCGGTTTGC
J/1-447 -AGGATCCCGT--TTATTCTTTATAACC-CTGATCAC--CCTGGCAC--ATGCGGTTTGC
K/1-448 AAGGATCCCGT-----GTCATTATAACC-CTGATCAC--ACTGGCAC--ATGCGGTTTGC
L/1-431 -AGGATCCCGT-----TTCATTAT--CC-CTG-TCAC--CCTGGCAC--ATGCGGTTTGC
M/1-432 --GGATCCCGT--TTATTCATTAAAACC-CTGA---C--CCTGGCAC--ATGCGGTTTGC
N/1-422 --GGATCCCGT--TTATTCATTATAACC-CTGA---C--CCTGGCAC--ATGCGGTTTGC
O/1-441 -ATGATCCCGT--TTATTCATTATAACC-CT---CAC--CCTGGCAC--ATGCGGTTTGC
P/1-446 -AGGATCCCGT--TTATTCATTATAACC-CTGATCAC--CCTGGCAC--ATGCGGTTTGC
* * * ** * **
A/1-474 ACTTCGATGCC
B/1-452 ACTTCGATGCC
C/1-466 ACTTCGATG--
D/1-476 ACTTCGATGCC
E/1-439 -CTTCGATGCC
F/1-434 -CTTCGATGCC
G/1-462 ACTTCGATG--
H/1-466 ACTTCGATGCC
I/1-462 --TTCGATGCC
J/1-447 ACTTCGATGCC
K/1-448 ACTTCGATG--
L/1-431 ACTTCGATG--
M/1-432 ACTTCGATGCC
N/1-422 ACTTCGATGCC
O/1-441 ACTTCG-TGCC
P/1-446 ACTTCG-TGCC
**** **
I have tried different things, but I don't really know why do I have this problem... Does anyone knows?
Thank you very much in advance,
Jose G.
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