[Biojava-l] Alignmente algorithms implemented by BioJava

[Dickson S. Guedes]

Anderson Moura da Silva escreveu:
> Hi,
>  
> Can somebody tell me what algorithms Biojava uses to make local alignments and multiples alignments?
> I'm Serching it on the Documentation but I have not found it?
>  
> Where could I find it? I'm working on a Java Environment for Analysis and Alignment of Sequences!
>  
> Thanks,
> Anderson Moura - Brazil

Sorry ALL but I'll reply this message using my natural language.


Ola Anderson,

O BioJava não implementa uma classe para Alinhamentos Multiplos, porém 
tem como voce fazer alinhamento de pares (PairWise) usando programação 
dinâmica (DP) neste caso há um exemplo no CookBook no link abaixo:

- http://biojava.open-bio.org/wiki/BioJava:CookBook:DP:PairWise

Voce pode optar por fazer alinhamentos multiplos usando o pacote STRAP 
neste caso ha um exemplo em:

- http://www.charite.de/bioinf/strap/biojavaInAnger_SequenceAligner.html

[]'s
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Dickson S. Guedes
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  * UNISUL - Universidade do Sul de Santa Catarina
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  * (0xx48) 621-3200 - http://www.unisul.br
  *
  *    "Quis custodiet ipsos custodes?"
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