[Biojava-l] RES: Get a sequence from internet

[Anderson Moura da Silva]

Nice!!

It work only with the sequence ID? Can I search by the name of the sequence?

Thanks a lot!

-----Mensagem original-----
De: Dickson S. Guedes [mailto:guedes at unisul.br]
Enviada em: segunda-feira, 3 de abril de 2006 12:10
Para: Anderson Moura da Silva
Cc: biojava-l at lists.open-bio.org
Assunto: Re: [Biojava-l] Get a sequence from internet


Yes,
Hi Anderson,

You can use the NCBISequenceDB:


(...)

NCBISequenceDB ncbiDB = new NCBISequenceDB();
Sequence sequenceFromGenbank = ncbiDB.getSequence("sequence_id");

System.out.println(sequenceFromGenbank.getName());

(...)

Change "sequence_id" for a ID from Genbank.

:)


Anderson Moura da Silva escreveu:
> Is possible to get a sequence from one of the sources on the internet, like from the Swissprot, using biojava?
>  
> Can anybody help?
>  
> Thanks,
> 
> 
> Esta mensagem, incluindo seus anexos, pode conter informações privilegiadas e/ou de caráter confidencial, não podendo ser retransmitida sem autorização do remetente. Se você não é o destinatário ou pessoa autorizada a recebê-la, informamos que o seu uso, divulgação, cópia ou arquivamento são proibidos. Portanto, se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, nos informe respondendo imediatamente a este e-mail e em seguida apague-a.
> 
> 
> _______________________________________________
> Biojava-l mailing list  -  Biojava-l at lists.open-bio.org
> http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l
> 


-- 
Dickson S. Guedes
/*
  * UNISUL - Universidade do Sul de Santa Catarina
  * ATI - Assessoria de Tecnologia da Informação
  * (0xx48) 621-3200 - http://www.unisul.br
  *
  *    "Quis custodiet ipsos custodes?"
  */