<br><font size=2 face="sans-serif">Hey All,</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks
Martin. &nbsp;I actually got everything working by checking out the Central
Perl modules and running the server myself. &nbsp;I also found a small
bugg in the Java code and fixed it. &nbsp;When a service was retrieved,
the URL was not being set. &nbsp;Would you like me to contribute any fixes
? &nbsp;So far I find the API very easy to use. &nbsp;It would be nice
however, if there were a way to create HAS relationships in addtion to
HAS-A. &nbsp;If there already is such functionality, please advise.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp;- Ben Szekely</font>
<p><font size=1 color=#800080 face="sans-serif">To: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Benjamin H Szekely/Cambridge/IBM@IBMUS</font>
<br><font size=1 color=#800080 face="sans-serif">cc: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">moby-l@biomoby.org</font><font size=1 color=#800080 face="sans-serif">
</font>
<br><font size=1 color=#800080 face="sans-serif">Subject: &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Re: [MOBY-l]
moby questions</font>
<br>
<br>
<br>
<br><font size=2><tt>&gt; 1) I tried calling a few methods using CentralImpl
and I'm getting errors.<br>
&gt;</tt></font>
<br><font size=2><tt>The method 'getServiceNames' works fine - you need
just to use the<br>
correct BioMoby server - which is<br>
http://mobycentral.cbr.nrc.ca/cgi-bin/MOBY05/mobycentral.pl. This is the<br>
default server in CentralIMPl - but you need to update your CVS copy (I<br>
have changed the server name there about two days ago). If you wish to
use<br>
a different (not the default) server you may say so in the CentralImpl<br>
contructor:</tt></font>
<br><font size=2><tt>Central central = new CentralImpl(&quot;http://my.moby.server/&quot;);<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>Regarding the method 'getServiceWSDL', there seems
to be a bug in Moby<br>
Central (mark, could you look at it pls?). The bug is that if you ask for<br>
a non-existing service name you get back a strange error (attached below).<br>
But if you ask for an existing service, you really get a WSDL. Try it with<br>
the only service that is current,y register there:</tt></font>
<br><font size=2><tt>name: getGoTerm, authority: http://www.illuminae.com<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>So this code was working fine for me:<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>import org.biomoby.shared.*;<br>
import org.biomoby.client.*;<br>
import java.util.*;<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>public class Q {<br>
public static void main(String[] args) throws Exception {</tt></font>
<br><font size=2><tt>Central central = new CentralImpl();<br>
Map map = central.getServiceNames();<br>
Object[] names = map.keySet().toArray();<br>
for (int i=0;i&lt;names.length;i++) {</tt></font>
<br><font size=2><tt>System.err.println(names[i] + &quot;:&quot; + map.get(names[i]));<br>
}</tt></font>
<br>
<br><font size=2><tt>System.err.println(central.getServiceWSDL(&quot;getGoTerm&quot;,&quot;http://www.illuminae.com&quot;));<br>
}</tt></font>
<br><font size=2><tt>}<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>Regards,<br>
Martin</tt></font>
<br>
<br><font size=2><tt>PS: For Mark - here is the strange error message:<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>bagheera:~/moby-live/Java&gt; java MobyCmdLineClient
-wsdl<br>
Servicetest4,http://mips.gsf.de/MOBY/Central -debug<br>
WSDL for service 'Servicetest4,http://mips.gsf.de/MOBY/Central':<br>
----------------<br>
METHOD CALL: retrieveService<br>
------------<br>
&lt;retrieveService&gt;&lt;Service authURI=&quot;http://mips.gsf.de/MOBY/Central&quot;<br>
serviceName=&quot;Servicetest4&quot;/&gt;&lt;/retrieveService&gt;<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>------------<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>===ERROR===<br>
org.biomoby.shared.MobyException: ===ERROR===<br>
Fault details:<br>
[stackTrace: null]<br>
Fault string: DBD::mysql::db do failed: Column 'contact_email' cannot be<br>
null at MOBY/authority.pm line 96.<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>Fault code: &nbsp; {http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/}Server<br>
Fault actor: &nbsp;null<br>
When calling:</tt></font>
<br><font size=2><tt>http://mobycentral.cbr.nrc.ca/cgi-bin/MOBY05/mobycentral.pl<br>
===========<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>at org.biomoby.client.CentralImpl.doCall(CentralImpl.java:158)<br>
at</tt></font>
<br><font size=2><tt>org.biomoby.client.CentralImpl.getServiceWSDL(CentralImpl.java:683)<br>
at MobyCmdLineClient.main(MobyCmdLineClient.java:171)</tt></font>
<br><font size=2><tt>===========<br>
bagheera:~/moby-live/Java&gt;<br>
</tt></font>
<br>
<br>
<br><font size=2><tt>--<br>
Martin Senger<br>
</tt></font>
<br><font size=2><tt>EMBL Outstation - Hinxton &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Senger@EBI.ac.uk<br>
European Bioinformatics Institute &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Phone: (+44)
1223 494636<br>
Wellcome Trust Genome Campus &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
(Switchboard: &nbsp; &nbsp; 494444)<br>
Hinxton &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Fax &nbsp;: (+44)
1223 494468<br>
Cambridge CB10 1SD<br>
United Kingdom &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; http://industry.ebi.ac.uk/~senger<br>
</tt></font>
<br>
<br>
<br>