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<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6487.1">
<TITLE>Problem with indexing of large files and seqret</TITLE>
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<!-- Converted from text/rtf format -->

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Hello all,</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">We have installed the emboss package 2.8.0 on both IRIX and Linux (64 bit) machines.&nbsp; I have installed several databases, one of which is the incremental updates of EMBL which we cumulate in a flat file now larger than 2 GB. This database was successfully indexed using dbiflat, but we have the problem that seqret either is enable to read a sequence and dies or goes to a segmentation fault, depending on the position of the sequence to read. </FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I saw in the mailing list archives that this problem was already mentioned in 2002, but is there now a way to solve it without splitting the large flat file?</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Thanks for your help,</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Isabelle Wells<SPAN LANG="de-ch"></SPAN></FONT><SPAN LANG="de-ch"></SPAN><SPAN LANG="de-ch"></SPAN>
</P>

<P><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">+--- O---O -------------------------------------------</FONT></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; o-o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></SPAN><SPAN LANG="de-ch"></SPAN><SPAN LANG="de-ch"> <FONT SIZE=1 FACE="Courier New">Isabelle Wells, Ph. D.</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></SPAN><SPAN LANG="de-ch"></SPAN><SPAN LANG="de-ch"> <FONT SIZE=1 FACE="Courier New">Bioinformatics group</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; o-o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></SPAN><SPAN LANG="de-ch"></SPAN><SPAN LANG="de-ch"> <FONT SIZE=1 FACE="Courier New">F. Hoffmann-La Roche Ltd</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp; </FONT></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; o---o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></SPAN><SPAN LANG="de-ch"></SPAN><SPAN LANG="de-ch"> <FONT SIZE=1 FACE="Courier New">PRBI-B, building 65/307</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp;&nbsp; o----o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></SPAN><SPAN LANG="de-ch"></SPAN><SPAN LANG="de-ch"> <FONT SIZE=1 FACE="Courier New">CH-4070 Basel, Switzerland</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp; O----O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp; 0--o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp;&nbsp; o-o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT></SPAN><SPAN LANG="de-ch"></SPAN><SPAN LANG="de-ch"> <FONT SIZE=1 FACE="Courier New">E-mail: isabelle.wells@roche.com</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">&nbsp;&nbsp; </FONT></SPAN>

<BR><SPAN LANG="en-us"><FONT SIZE=2 FACE="Courier New">+- o---o ---------------------------------------------</FONT></SPAN>
</P>
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