<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 5.5.2657.27">
<TITLE>RE: [EMBOSS] Does seqret have limitations ?</TITLE>
</HEAD>
<BODY>

<P><FONT SIZE=2>Thank you very much to everybody, the problem was, as some of you suspected, in the genbank file...</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Best wishes</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Caroline.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;Stefanie Lager&quot;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;stefanielager@f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; astmail.ca&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; An:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; emboss@embnet.org&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gesendet von:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kopie:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; owner-emboss@hgm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thema:&nbsp;&nbsp; RE: [EMBOSS] Does seqret have limitations ?&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; p.mrc.ac.uk&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.12.03 07:05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT>
</P>
<BR>
<BR>
<BR>

<P><FONT SIZE=2>It sounds as if it's problems with a single sequence in the file. Try</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>removing the sequence it hangs on or try split the original file in</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>parts and see if it there is a single sequence it hangs on. Other</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>programs can have problems with end of line characters, but this</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>doesn't sound like that.</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>Stefanie</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>&gt; Dear Simon,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; I don't receive any error from seqret, it simply stops just as if</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; it was correctly finished.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; The file is not bigger than 2Gb:</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; $ du -sk file.gbk</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 74680&nbsp;&nbsp; file.gbk</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Even with the cat command you sent me, I only get 17143 sequences</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; formatted in GCG format. (it is the same if I try to convert in</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; fasta format)</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; $ grep -c &quot;Check&quot; file.gcg</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 17143</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; $ grep -c &quot;LOCUS&quot; file.gbk</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 26045</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; $ seqret file.gbk -osformat fasta -outseq test</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Reads and writes (returns) sequences</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; $ grep -c &quot;&gt;&quot; test</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; 17143</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; If anybody has an idea...</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Thanks a lot,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Caroline.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; -----Original Message-----</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; From: simon andrews (BI) [<A HREF="mailto:simon.andrews@bbsrc.ac.uk">mailto:simon.andrews@bbsrc.ac.uk</A>]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Sent: mardi, 16. décembre 2003 17:47</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; To: 'emboss@embnet.org'</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Subject: RE: [EMBOSS] Does seqret have limitations ?</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; -----Original Message-----</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; From: Barretto,Caroline,LAUSANNE,NRC/BAS</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; [<A HREF="mailto:Caroline.Barretto@rdls.nestle.com">mailto:Caroline.Barretto@rdls.nestle.com</A>]</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Sent: 16 December 2003 16:12</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; To: emboss@embnet.org</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Subject: [EMBOSS] Does seqret have limitations ?</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt; Dear all,</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt; Did anybody notice that the seqret program seems to</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt; be limited by the number of sequences to convert ? I</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt; am trying to convert 1 file containing 23000 genbank</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt; sequences into GCG format.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;&gt; Do you have a suggestion for that ?</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Seqret is not limited by number of files.&nbsp; I routinely pass the</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; whole of EMBL through seqret and it works fine.&nbsp; What error do you</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; get when seqret stops?&nbsp; Could it just be that there is a malformed</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; entry part way through your file?</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Is the file you are trying to convert &gt;2Gb in size?&nbsp; If so this</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; could be the reason for the failure rather than seqret being</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; limited by the number of sequences.&nbsp; In this case though I thought</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; that the failure would happen when the file was first opened and</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; not after a certain number of sequences had passed through.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; If the problem is a large file you might be able to get round this</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; by using a pipe to get information into seqret.&nbsp; Try</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; cat your_genbank_file.gb | seqret -filter -osf gcg &gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; your_gcg_file.gcg</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; This should work as long as your OS version of cat and your shell</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; can handle large files.</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt;</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&gt; Hope this helps</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2>_________________________________________________________________</FONT>
<BR><FONT SIZE=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <A HREF="http://fastmail.ca/" TARGET="_blank">http://fastmail.ca/</A> - Fast Secure Web Email for Canadians</FONT>
</P>
<BR>
<BR>

</BODY>
</HTML>