
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>Re: [EMBOSS] maximum number of sequences for eprimer3</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Verdana"><SPAN STYLE='font-size:12.0px'>Hi Sebastian,<BR>

<BR>

Interesting that you see the same problem with eprimer3 but the cutoff number varies; I wonder what the key variable is.<BR>

<BR>

I have used primer3 (primer3_core) and that has no cutoff; all the sequences are processed. I was hoping to use eprimer3 because the input and output files are easier to manage; I have limited perl scripting skills and I was trying to avoid converting the input to Boulder io format which for me would be laborious.<BR>

<BR>

Thanks,<BR>

Iain<BR>

<BR>

<BR>

</SPAN></FONT><SPAN STYLE='font-size:12.0px'><FONT COLOR="#0000FF"><FONT FACE="Arial">Hello,<BR>

</FONT></FONT><FONT FACE="Verdana"> <BR>

</FONT><FONT COLOR="#0000FF"><FONT FACE="Arial">I've been looking at the files you sent to me. Now I realize that I always used primer3, not eprimer3 and the input file is in different format. Anyway I made the test (with eprimer3) and the cut off value seems to be 10 sequences (more than that end into a sleep process). A workaround would be to send the job to eprimer3 in batch with the size it can handle. This will not correct the problem but at least you could get te results.<BR>

Have you tried with the primer3 instead of eprimer3?<BR>

</FONT></FONT><FONT FACE="Verdana">Sebastian Bassi.<BR>

Advanta Seeds. Balcarce Research Station.<BR>

<BR>

</FONT></SPAN>

</BODY>

</HTML>