<DIV>I need to use TCOFFE, I understand this is not part of EMBOSS. Is it possible to include new methods in to EMBOSS? how? is there a guide? thanks. <BR><BR><B><I></I></B>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">&gt; Hi, I am new in emboss db config. Need some help in indexing blast db.<BR><BR>This is the long-standing problem of the "new ASN.1 format blast database"<BR><BR>NCBI changed formatdb to create a new index file format, but we have no<BR>documentation on the new format, so we cannot update dbiblast to index it.<BR><BR>We hope to provide the ability to index these blast databases in a future<BR>release, once NCBI release the format specification. I suspect EMBOSS and<BR>FASTA are the only other applications using blast index formats so it is<BR>not an urgent task for them.<BR><BR>Meanwhile, you need to use the 'old' format:<BR><BR>First, you need the original FASTA format file (drosophila.nt)<BR><BR>Then, index it with formatdb but add "-A F" to the command line (to turn<BR>off ASN.1 format).<BR><BR>Hope this helps,<BR><BR>Peter Rice</BLOCKQUOTE></DIV><p><hr SIZE=1>
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