<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40" xmlns:o = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:word"><HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">


<META content=Word.Document name=ProgId>
<META content="MSHTML 6.00.2800.1106" name=GENERATOR>
<META content="Microsoft Word 10" name=Originator><LINK 
href="cid:filelist.xml@01C29ADF.BCE76120" rel=File-List><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:OfficeDocumentSettings>
  <o:DoNotRelyOnCSS/>
 </o:OfficeDocumentSettings>
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <w:WordDocument>
  <w:SpellingState>Clean</w:SpellingState>
  <w:GrammarState>Clean</w:GrammarState>
  <w:DocumentKind>DocumentEmail</w:DocumentKind>
  <w:EnvelopeVis/>
  <w:BrowserLevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel>
 </w:WordDocument>
</xml><![endif]-->
<STYLE>@page Section1 {size: 595.3pt 841.9pt; margin: 2.0cm 42.5pt 2.0cm 3.0cm; mso-header-margin: 35.4pt; mso-footer-margin: 35.4pt; mso-paper-source: 0; }
P.MsoNormal {
        FONT-SIZE: 12pt; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-style-parent: ""; mso-pagination: widow-orphan; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"
}
LI.MsoNormal {
        FONT-SIZE: 12pt; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-style-parent: ""; mso-pagination: widow-orphan; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"
}
DIV.MsoNormal {
        FONT-SIZE: 12pt; MARGIN: 0cm 0cm 0pt; FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-style-parent: ""; mso-pagination: widow-orphan; mso-fareast-font-family: "Times New Roman"
}
A:link {
        COLOR: blue; TEXT-DECORATION: underline; text-underline: single
}
SPAN.MsoHyperlink {
        COLOR: blue; TEXT-DECORATION: underline; text-underline: single
}
A:visited {
        COLOR: purple; TEXT-DECORATION: underline; text-underline: single
}
SPAN.MsoHyperlinkFollowed {
        COLOR: purple; TEXT-DECORATION: underline; text-underline: single
}
SPAN.EmailStyle17 {
        COLOR: windowtext; FONT-FAMILY: Arial; mso-style-type: personal-compose; mso-style-noshow: yes; mso-ansi-font-size: 10.0pt; mso-bidi-font-size: 10.0pt; mso-ascii-font-family: Arial; mso-hansi-font-family: Arial; mso-bidi-font-family: Arial
}
DIV.Section1 {
        page: Section1
}
</STYLE>
<!--[if gte mso 10]>
<style>
 /* Style Definitions */ 
 table.MsoNormalTable
        {mso-style-name:"\041E\0431\044B\0447\043D\0430\044F \0442\0430\0431\043B\0438\0446\0430";
        mso-tstyle-rowband-size:0;
        mso-tstyle-colband-size:0;
        mso-style-noshow:yes;
        mso-style-parent:"";
        mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;
        mso-para-margin:0cm;
        mso-para-margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
</style>
<![endif]--></HEAD>
<BODY lang=RU style="tab-interval: 35.4pt" vLink=purple link=blue>
<DIV>
<DIV><SPAN class=860422319-04122002><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2>Hi,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=860422319-04122002><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=860422319-04122002><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT 
size=2>Sometimes the problems like this occurs when the program is expecting a 
UNIX formated text file and you put a windows style text file. I have had the 
inverse problem, I have downloaded a genome fasta file from the NCBI and the 
program I was using to handle it was unable to open it, since it expected a 
windows style text file and the downloaded file was with Unix format.<SPAN 
class=133372819-04122002> The EOL character is 
different.</SPAN></FONT></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=860422319-04122002><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT 
size=2><SPAN class=133372819-04122002>There's a Windows program called CONVERT, 
it works as a pop up menu, just click the file with secondary button and select 
CONVERT TO (3 options, UNIX, PC or MAC). If you are using UNIX, there are some 
comand line utilities to do this (in Solaris is already built 
in).</SPAN></FONT></FONT></FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=860422319-04122002><FONT face=Arial><FONT color=#0000ff><FONT 
size=2><SPAN class=133372819-04122002>I don't know if EMBOSS have problem with 
this.</SPAN></FONT></FONT></FONT></SPAN></DIV></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px"><FONT face=Arial color=#0000ff 
  size=2>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>ERROR: Could not open sequence file 5511A</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV><BR>No. of seqs. read = -1. No alignment!<BR>Error: failed to open 
  filename 5511B<BR>Problem writing out EMBOSS alignment fileSegmentation 
  fault<BR></FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><SPAN 
  class=312123816-04122002>-mat</SPAN></FONT></DIV>
  <P><FONT face=Arial size=2><SPAN lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US"><o:p></o:p></SPAN></FONT>&nbsp;</P></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>