<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD><TITLE>RE: Instalation and D'd problem.</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2716.2200" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi all,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I am using supermatcher to align 2 sequences, and 
it seems that the order of the sequences affects the results dramatically&nbsp; 
(see example below).</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Is that normal?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Shibl</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Note:&nbsp; The following examples where build by 
downloading AP000926.5 and AP001970.3 from entrez and then calling</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>supermatcher with wordlen=20, all other parameters 
are kept as default.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>########################################<BR># 
Program:&nbsp; supermatcher<BR># Rundate:&nbsp; Wed Jul 31 11:54:34 2002<BR># 
Report_file: 
ap000926.supermatcher<BR>########################################<BR>#=======================================<BR>#<BR># 
Aligned_sequences: 2<BR># 1: AP000926.5<BR># 2: AP001970.3<BR># Matrix: 
EDNAFULL<BR># Gap_penalty: 10.0<BR># Extend_penalty: 0.5<BR>#<BR># Length: 
57265<BR># Identity:&nbsp;&nbsp; 40361/57265 (70.5%)<BR># Similarity: 
40361/57265 (70.5%)<BR># Gaps:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11627/57265 
(20.3%)<BR># Score: 133850.5<BR># 
<BR>#<BR>#=======================================</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>########################################<BR># 
Program:&nbsp; supermatcher<BR># Rundate:&nbsp; Wed Jul 31 11:55:10 2002<BR># 
Report_file: 
ap001970.supermatcher<BR>########################################<BR>#=======================================<BR>#<BR># 
Aligned_sequences: 2<BR># 1: AP001970.3<BR># 2: AP000926.5<BR># Matrix: 
EDNAFULL<BR># Gap_penalty: 10.0<BR># Extend_penalty: 0.5<BR>#<BR># Length: 
52182<BR># Identity:&nbsp;&nbsp; 50101/52182 (96.0%)<BR># Similarity: 
50101/52182 (96.0%)<BR># Gaps:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1463/52182 ( 2.8%)<BR># Score: 242805.0<BR># 
<BR>#<BR>#=======================================<BR></FONT></DIV></BODY></HTML>