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Announcing Jemboss v.alpha1.0 Release

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<p>Jemboss is a graphical user interface to EMBOSS, written in Java. It

is

<br>currently being developed at the HGMP-RC by Tim Carver in the EMBOSS

developement team. It is now part of the EMBOSS distribution.

<p>Jemboss is being written to be run either as (i) a client-server

interface or (ii)&nbsp; standalone and using a local EMBOSS installation.

<br>However, most of the development has been on building a client-server,

to enable access to EMBOSS from remote sites and on PC workstations.

<p>A server has been setup at the a HGMP which is available to registered

<br>users of the HGMP. This enables the user to download the client onto

a

<br>PC or unix platform and connect to the HGMP server which runs the

<br>applications. This webpage is currently available at:

<p><A HREF="http://www.uk.embnet.org/Software/EMBOSS/Jemboss/">http://www.uk.embnet.org/Software/EMBOSS/Jemboss/</A>

<p>Jemboss presents you with a form to assign the input parameters for

each

<br>program. Given a sequence, it will work out the values of the input

<br>parameters that are dependent on the sequence attributes. This is done

by a JNI (Java Native Interface) call to the EMBOSS ajax libraries.

It

<br>is also being designed to cope with all the inter-dependencies of other

input parameters. (See the note below for compiling EMBOSS to use JNI).

<p>Results are stored on the server and can be re-called. Also, run

<br>information is stored on the server (date of run, command line). If

the

<br>application is run interactively then the results are automatically

<br>displayed on the screen. Otherwise a job manager keeps track of all

programs submitted to a batch queue in a Jemboss session.

<p>File system management is provided, both on the users machine locally

<br>and on the server. The files can be dragged from the file tree into

the

form. Files can also be opened and displayed from the file manager.

More

<br>work is being carried out in this area, to add additional functionality

(e.g. file transfer between local and remote file systems).

<br>&nbsp;

<p>Downloading from the CVS:

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<br>This is currently only available from the HGMP CVS server. See:

<p><A HREF="http://www.uk.embnet.org/Software/EMBOSS/Doc/cvs.html">http://www.uk.embnet.org/Software/EMBOSS/Doc/cvs.html</A>

<p>NB:&nbsp; In downloading from the CVS server, as well as downloading

Jemboss,

<br>you are also downloading an inter-release version of EMBOSS which has

not yet been put through the testing procedures.

<p>To configure EMBOSS to use the Java Native Interface in Jemboss a

<br>"--with-java" and "--with-javaos" need to be used, and pointed at the

<br>java1.3 installation. For example:

<p>./configure --enable-warnings --with-pngdriver=/packages/emboss/png

<br>--with-java=/packages/java/jdk1.3/include

<br>--with-javaos=/packages/java/jdk1.3/include/solaris

and must not be configured using the --disable-shared configure option.

<p>Known CVS problem:

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The xerces.jar file appears to get currupted when added to the server.

<br>So a copy of this jar file has been made available on via anonymous

ftp:

<p><A HREF="ftp://ftp.uk.embnet.org/pub/EMBOSS/jemboss/xerces.jar">ftp://ftp.uk.embnet.org/pub/EMBOSS/jemboss/xerces.jar</A>

which needs to be put in $EMBOSS_ROOT/jemboss/lib.

<br>&nbsp;

<pre></pre>

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