From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Wed Sep  2 06:15:26 2009
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (Naohisa GOTO)
Date: Wed, 2 Sep 2009 19:15:26 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?ZmFzdGEbJEI3QTwwJE4zTkcnGyhC?=
In-Reply-To: <2bf88bba0908312055m5ac815a2xb7a296bba79beb49@mail.gmail.com>
References: <2bf88bba0908312055m5ac815a2xb7a296bba79beb49@mail.gmail.com>
Message-ID: <20090902101527.31D101CBC3C9@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>

On Tue, 1 Sep 2009 12:55:52 +0900
"dendoh ＠ rakuno.ac.jp" <daijiendoh ＠ gmail.com> wrote:

> 北海道の遠藤です
> 久しぶりに投稿させていただきます。
> 
> 現在Webから塩基配列を fasta 形式で入力してもらって、処理をするServer application を作っています。
> まず、入力文字列がFasta形式かどうかを確認する必要があるのですが、
> 
> Bio::FlatFile.new(Bio::FastaFormat, ARGF) として、null
> が帰ってきたら、FastaFormatで無いと判断すればよいのでしょうか。

それをすると、内容を問わず、無理矢理にでも Bio::FastaFormat
として入力データを解釈するので、むしろ逆です。

たとえば

  ff = Bio::FlatFile.new(nil, ARGF)
  if ff.dbclass != Bio::FastaFormat
    $stderr.puts "Not FASTA format!"
    exit(1)
  end
  ff.each do |entry|
    # entry is a Bio::FastaFormat object
    # ...
  end

のような感じで、入力データ形式自動認識をさせて、その結果、希望の
フォーマット(今回は Bio::FastaFormat) として識別されているか
を調べるとよいと思います。

自動認識はもちろん完全ではないですが、実用上は問題ないことが多いです。
ただし、ウェブサーバで実行するとのことで、不特定の人が実行するのなら、
堅牢性が不十分かもしれない点には注意する必要があります。
(たとえば、改行が一切無いデータを与えると、改行コードを区切りとして
形式判別用データを先読みしているので、際限なくデータを読ませ続けて、
サーバーのメモリを食いつぶすことができるかもしれない。)

-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)

From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Wed Sep  2 09:15:46 2009
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (Naohisa GOTO)
Date: Wed, 2 Sep 2009 22:15:46 +0900
Subject: [BioRuby-ja] BioRuby 1.3.1 is released
Message-ID: <20090902131547.9F26E1CBC433@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>

Hi all,

We are pleased to announce the release of BioRuby 1.3.1.

The archive is available at:
  http://bioruby.org/archive/bioruby-1.3.1.tar.gz

Web page:
  http://bioruby.org/
  http://bioruby.open-bio.org/
API documentation:
  http://bioruby.org/rdoc/
Bug report:
  http://rubyforge.org/projects/bioruby/

We also put RubyGems pacakge at RubyForge as always.
You can easily install by using RubyGems.
 % sudo gem install bio

You can also obtain bioruby gem file from bioruby.org.
  http://bioruby.org/archive/gems/bio-1.3.1.gem

Here is a brief summary of changes.

 * Refactoring of BioSQL support.
 * Bio::PubMed bug fixes.
 * Bio::NCBI::REST bug fixes.
 * Bio::GCG::Msf bug fixes.
 * Bio::Fasta::Report bug fixes and added support for multiple query
   sequences.
 * Bio::Sim4::Report bug fixes.
 * Added unit tests for Bio::GCG::Msf and Bio::Sim4::Report.
 * License of BioRuby is clarified.

In addition, many changes have been made, mainly bug fixes.
For more information, you can see ChangeLog at

http://github.com/bioruby/bioruby/blob/e731c6e52bc9a672e4546eeca4f2d2d968bdba09/ChangeLog

Hope you enjoy.

P.S.
In the next major release (maybe 1.4.0), PhyloXML, Chromatogram, and
many other new functions developed in GitHub will be merged.


Naohisa Goto
ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp / ng ＠ bioruby.org

From daijiendoh ＠ gmail.com  Thu Sep 17 07:49:37 2009
From: daijiendoh ＠ gmail.com (dendoh@rakuno.ac.jp)
Date: Thu, 17 Sep 2009 20:49:37 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?RndkOiAgZmFzdGEbJEI3QTwwJE4zTkcnGyhC?=
In-Reply-To: <20090902101527.31D101CBC3C9@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>
References: <2bf88bba0908312055m5ac815a2xb7a296bba79beb49@mail.gmail.com>
	<20090902101527.31D101CBC3C9@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>
Message-ID: <2bf88bba0909170449yfa9bb59gdbd9ca175ebb19ad@mail.gmail.com>

後藤さん

返信大変遅くなってしまいました。
下記の方法で確認することができました。
伺ってみると、すごく当たり前のことで、赤面しております。

BioRuby は、やり方を伺うとものすごくシンプルなのですが、オブジェクトの取り扱いが分からず、感覚が付いてくるまで時間がかかりそうです。

いつもありがとうございます。
これで、近々プライマー設計ページをアップできます。

では、またよろしくお願いします。

On Tue, 1 Sep 2009 12:55:52 +0900
"dendoh ＠ rakuno.ac.jp" <daijiendoh ＠ gmail.com> wrote:

> 北海道の遠藤です
> 久しぶりに投稿させていただきます。
>
> 現在Webから塩基配列を fasta 形式で入力してもらって、処理をするServer application を作っています。
> まず、入力文字列がFasta形式かどうかを確認する必要があるのですが、
>
> Bio::FlatFile.new(Bio::FastaFormat, ARGF) として、null
> が帰ってきたら、FastaFormatで無いと判断すればよいのでしょうか。

それをすると、内容を問わず、無理矢理にでも Bio::FastaFormat
として入力データを解釈するので、むしろ逆です。

たとえば

 ff = Bio::FlatFile.new(nil, ARGF)
 if ff.dbclass != Bio::FastaFormat
   $stderr.puts "Not FASTA format!"
   exit(1)
 end
 ff.each do |entry|
   # entry is a Bio::FastaFormat object
   # ...
 end

のような感じで、入力データ形式自動認識をさせて、その結果、希望の
フォーマット(今回は Bio::FastaFormat) として識別されているか
を調べるとよいと思います。

自動認識はもちろん完全ではないですが、実用上は問題ないことが多いです。
ただし、ウェブサーバで実行するとのことで、不特定の人が実行するのなら、
堅牢性が不十分かもしれない点には注意する必要があります。
(たとえば、改行が一切無いデータを与えると、改行コードを区切りとして
形式判別用データを先読みしているので、際限なくデータを読ませ続けて、
サーバーのメモリを食いつぶすことができるかもしれない。)

--
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)



-- 
酪農学園大学 獣医学部 放射線学教室
遠藤大二
Tel: 011-388-4847
Fax:011-387-5890

From daijiendoh ＠ gmail.com  Tue Sep  1 03:55:52 2009
From: daijiendoh ＠ gmail.com (dendoh@rakuno.ac.jp)
Date: Tue, 1 Sep 2009 12:55:52 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?ZmFzdGEbJEI3QTwwJE4zTkcnGyhC?=
Message-ID: <2bf88bba0908312055m5ac815a2xb7a296bba79beb49@mail.gmail.com>

北海道の遠藤です
久しぶりに投稿させていただきます。

現在Webから塩基配列を fasta 形式で入力してもらって、処理をするServer application を作っています。
まず、入力文字列がFasta形式かどうかを確認する必要があるのですが、

Bio::FlatFile.new(Bio::FastaFormat, ARGF) として、null
が帰ってきたら、FastaFormatで無いと判断すればよいのでしょうか。

ご助言いただけるとたすかます。


From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Wed Sep  2 10:15:26 2009
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (Naohisa GOTO)
Date: Wed, 2 Sep 2009 19:15:26 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?ZmFzdGEbJEI3QTwwJE4zTkcnGyhC?=
In-Reply-To: <2bf88bba0908312055m5ac815a2xb7a296bba79beb49@mail.gmail.com>
References: <2bf88bba0908312055m5ac815a2xb7a296bba79beb49@mail.gmail.com>
Message-ID: <20090902101527.31D101CBC3C9@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>

On Tue, 1 Sep 2009 12:55:52 +0900
"dendoh ＠ rakuno.ac.jp" <daijiendoh ＠ gmail.com> wrote:

> 北海道の遠藤です
> 久しぶりに投稿させていただきます。
> 
> 現在Webから塩基配列を fasta 形式で入力してもらって、処理をするServer application を作っています。
> まず、入力文字列がFasta形式かどうかを確認する必要があるのですが、
> 
> Bio::FlatFile.new(Bio::FastaFormat, ARGF) として、null
> が帰ってきたら、FastaFormatで無いと判断すればよいのでしょうか。

それをすると、内容を問わず、無理矢理にでも Bio::FastaFormat
として入力データを解釈するので、むしろ逆です。

たとえば

  ff = Bio::FlatFile.new(nil, ARGF)
  if ff.dbclass != Bio::FastaFormat
    $stderr.puts "Not FASTA format!"
    exit(1)
  end
  ff.each do |entry|
    # entry is a Bio::FastaFormat object
    # ...
  end

のような感じで、入力データ形式自動認識をさせて、その結果、希望の
フォーマット(今回は Bio::FastaFormat) として識別されているか
を調べるとよいと思います。

自動認識はもちろん完全ではないですが、実用上は問題ないことが多いです。
ただし、ウェブサーバで実行するとのことで、不特定の人が実行するのなら、
堅牢性が不十分かもしれない点には注意する必要があります。
(たとえば、改行が一切無いデータを与えると、改行コードを区切りとして
形式判別用データを先読みしているので、際限なくデータを読ませ続けて、
サーバーのメモリを食いつぶすことができるかもしれない。)

-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)


From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Wed Sep  2 13:15:46 2009
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (Naohisa GOTO)
Date: Wed, 2 Sep 2009 22:15:46 +0900
Subject: [BioRuby-ja] BioRuby 1.3.1 is released
Message-ID: <20090902131547.9F26E1CBC433@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>

Hi all,

We are pleased to announce the release of BioRuby 1.3.1.

The archive is available at:
  http://bioruby.org/archive/bioruby-1.3.1.tar.gz

Web page:
  http://bioruby.org/
  http://bioruby.open-bio.org/
API documentation:
  http://bioruby.org/rdoc/
Bug report:
  http://rubyforge.org/projects/bioruby/

We also put RubyGems pacakge at RubyForge as always.
You can easily install by using RubyGems.
 % sudo gem install bio

You can also obtain bioruby gem file from bioruby.org.
  http://bioruby.org/archive/gems/bio-1.3.1.gem

Here is a brief summary of changes.

 * Refactoring of BioSQL support.
 * Bio::PubMed bug fixes.
 * Bio::NCBI::REST bug fixes.
 * Bio::GCG::Msf bug fixes.
 * Bio::Fasta::Report bug fixes and added support for multiple query
   sequences.
 * Bio::Sim4::Report bug fixes.
 * Added unit tests for Bio::GCG::Msf and Bio::Sim4::Report.
 * License of BioRuby is clarified.

In addition, many changes have been made, mainly bug fixes.
For more information, you can see ChangeLog at

http://github.com/bioruby/bioruby/blob/e731c6e52bc9a672e4546eeca4f2d2d968bdba09/ChangeLog

Hope you enjoy.

P.S.
In the next major release (maybe 1.4.0), PhyloXML, Chromatogram, and
many other new functions developed in GitHub will be merged.


Naohisa Goto
ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp / ng ＠ bioruby.org


From daijiendoh ＠ gmail.com  Thu Sep 17 11:49:37 2009
From: daijiendoh ＠ gmail.com (dendoh@rakuno.ac.jp)
Date: Thu, 17 Sep 2009 20:49:37 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?RndkOiAgZmFzdGEbJEI3QTwwJE4zTkcnGyhC?=
In-Reply-To: <20090902101527.31D101CBC3C9@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>
References: <2bf88bba0908312055m5ac815a2xb7a296bba79beb49@mail.gmail.com>
	<20090902101527.31D101CBC3C9@idnmail.gen-info.osaka-u.ac.jp>
Message-ID: <2bf88bba0909170449yfa9bb59gdbd9ca175ebb19ad@mail.gmail.com>

後藤さん

返信大変遅くなってしまいました。
下記の方法で確認することができました。
伺ってみると、すごく当たり前のことで、赤面しております。

BioRuby は、やり方を伺うとものすごくシンプルなのですが、オブジェクトの取り扱いが分からず、感覚が付いてくるまで時間がかかりそうです。

いつもありがとうございます。
これで、近々プライマー設計ページをアップできます。

では、またよろしくお願いします。

On Tue, 1 Sep 2009 12:55:52 +0900
"dendoh ＠ rakuno.ac.jp" <daijiendoh ＠ gmail.com> wrote:

> 北海道の遠藤です
> 久しぶりに投稿させていただきます。
>
> 現在Webから塩基配列を fasta 形式で入力してもらって、処理をするServer application を作っています。
> まず、入力文字列がFasta形式かどうかを確認する必要があるのですが、
>
> Bio::FlatFile.new(Bio::FastaFormat, ARGF) として、null
> が帰ってきたら、FastaFormatで無いと判断すればよいのでしょうか。

それをすると、内容を問わず、無理矢理にでも Bio::FastaFormat
として入力データを解釈するので、むしろ逆です。

たとえば

 ff = Bio::FlatFile.new(nil, ARGF)
 if ff.dbclass != Bio::FastaFormat
   $stderr.puts "Not FASTA format!"
   exit(1)
 end
 ff.each do |entry|
   # entry is a Bio::FastaFormat object
   # ...
 end

のような感じで、入力データ形式自動認識をさせて、その結果、希望の
フォーマット(今回は Bio::FastaFormat) として識別されているか
を調べるとよいと思います。

自動認識はもちろん完全ではないですが、実用上は問題ないことが多いです。
ただし、ウェブサーバで実行するとのことで、不特定の人が実行するのなら、
堅牢性が不十分かもしれない点には注意する必要があります。
(たとえば、改行が一切無いデータを与えると、改行コードを区切りとして
形式判別用データを先読みしているので、際限なくデータを読ませ続けて、
サーバーのメモリを食いつぶすことができるかもしれない。)

--
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)



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酪農学園大学 獣医学部 放射線学教室
遠藤大二
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Fax:011-387-5890