From akira_myomoto ＠ yahoo.co.jp  Tue Oct 30 03:14:10 2007
From: akira_myomoto ＠ yahoo.co.jp (myomoto akira)
Date: Tue, 30 Oct 2007 16:14:10 +0900 (JST)
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?GyRCJGgkbSQ3JC8kKiRNJCwkJCQ3JF4bKEI=?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJDkbKEI=?=
Message-ID: <20071030071410.46859.qmail@web2005.mail.yahoo.co.jp>


BioRuby-ja MLの皆様：

東レ株式会社の妙本（みょうもと）と申します。
これまで、R+bioconductorで統計&アレイ解析をしてきたのですが、
KEGG pathwayを使いたくなって、rubyを勉強し始めました。

さっそく、質問させていただきますが、それは次のスレッドで。
失礼します。

 

 
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From akira_myomoto ＠ yahoo.co.jp  Tue Oct 30 03:35:29 2007
From: akira_myomoto ＠ yahoo.co.jp (myomoto akira)
Date: Tue, 30 Oct 2007 16:35:29 +0900 (JST)
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?Y29sb3JfcGF0aHdheV9ieV9vYmplY3RzIA==?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJEc/J0osJDEkNyQ/JCQbKEI=?=
Message-ID: <20071030073529.58373.qmail@web2001.mail.yahoo.co.jp>

東レ株式会社の妙本です。


color_pathway_by_objectsを使ったpathwayの色分けにおいて、
1つのEC番号に2つ以上のentryがある場合、どちらが優先されま
すか？

具体的には
path:hsa00380のEC1.14.14.1にhsa:1543とhsa:11283が対応
する中で、hsa:11283の色を優先して表示したいと思っています。
良い方法があればご教授下さい。

次のスクリプトは同じ結果になってしまいます。
require 'bio'
serv = Bio::KEGG::API.new
obj_list = ['hsa:11283','hsa:1543']
fg_list  = ['green','black']
 bg_list  = ['blue','red']
url = serv.color_pathway_by_objects('path:hsa00380',obj_list,fg_list,bg_list)
serv.save_image(url, "out1.gif")

obj_list = ['hsa:1543','hsa:11283']
 fg_list  = ['black','green']
  bg_list  = ['red','blue']
 url = serv.color_pathway_by_objects('path:hsa00380',obj_list,fg_list,bg_list)
 serv.save_image(url, "out2.gif")
 
よろしくお願いします。 

 
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From ktym ＠ hgc.jp  Tue Oct 30 13:28:39 2007
From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama)
Date: Wed, 31 Oct 2007 02:28:39 +0900
Subject: [BioRuby-ja]
 =?iso-2022-jp?b?Y29sb3JfcGF0aHdheV9ieV9vYmplY3RzIA==?=
 =?iso-2022-jp?b?GyRCJEc/J0osJDEkNyQ/JCQbKEI=?=
In-Reply-To: <20071030073529.58373.qmail@web2001.mail.yahoo.co.jp>
References: <20071030073529.58373.qmail@web2001.mail.yahoo.co.jp>
Message-ID: <48E70CEC-7B6B-4933-B645-3F3CC1C4D2E6@hgc.jp>

妙本様

BioRuby というより KEGG API の使い方の話なのですが、
どっちも開発者なので分かる範囲でお答えしておきます。

On 2007/10/30, at 16:35, myomoto akira wrote:

> 東レ株式会社の妙本です。
>
>
> color_pathway_by_objectsを使ったpathwayの色分けにおいて、
> 1つのEC番号に2つ以上のentryがある場合、どちらが優先されま
> すか？

どちらかはちょっと覚えていないのですが、サーバの実装に依存しているだけで、
意味のある順番ではないです。

解決方法としては、ちょっと面倒なのですが color_pathway_by_objects の代わりに

http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html#label:78

あたりにある color_pathway_by_elements を使って箱の番号で色をつけてもらう
ことになります。

それぞれの箱の番号と遺伝子の対応表はあらかじめ get_elements_by_pathway で
取得しておかないといけないので、使いやすくはありませんね。ごめんなさい。^^;

改善案の一つは、先日の第７回オープンバイオ研究会でちょっとお披露目した
パスウェイの着せ替えラベル機能なのですがまだ開発中ですー。

片山



> 具体的には
> path:hsa00380のEC1.14.14.1にhsa:1543とhsa:11283が対応
> する中で、hsa:11283の色を優先して表示したいと思っています。
> 良い方法があればご教授下さい。
>
> 次のスクリプトは同じ結果になってしまいます。
> require 'bio'
> serv = Bio::KEGG::API.new
> obj_list = ['hsa:11283','hsa:1543']
> fg_list  = ['green','black']
>  bg_list  = ['blue','red']
> url = serv.color_pathway_by_objects('path:hsa00380',obj_list,fg_list,bg_list)
> serv.save_image(url, "out1.gif")
>
> obj_list = ['hsa:1543','hsa:11283']
>  fg_list  = ['black','green']
>   bg_list  = ['red','blue']
>  url = serv.color_pathway_by_objects('path:hsa00380',obj_list,fg_list,bg_list)
>  serv.save_image(url, "out2.gif")
>
> よろしくお願いします。 
>
>
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