From dritoshi ＠ gmail.com Thu Dec 13 09:42:29 2007 From: dritoshi ＠ gmail.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Thu, 13 Dec 2007 23:42:29 +0900 Subject: [BioRuby-ja] pubmed.rb Message-ID: にかいどうです． Bio::PubMed#queryが使えなくなっています． 現在設定されているCGIのURLが変更になったのが原因のようです． ほかのメソッドも影響があるかもしれません． 解決案としては3つほど考えられます． 1. 301に対応する 現在のURLが301を返しているので，Bio::command#new_http をredirectに対応するという方法があります． 2. 新しいURLに変更する 132c132 < path = "/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Text&dopt=MEDLINE&uid=" --- > path = "/entrez/query.fcgi?tool=bioruby&cmd=Text&dopt=MEDLINE&db=PubMed&uid=" 3. NCBI eUtilsへ以降する ほかのメソッド(efetch)などはeutilsを使っているようなのでqueryはなくして しまうか，eUtilsのURLに変更してしまうのも良いかもしれませんね． http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From ktym ＠ hgc.jp Fri Dec 14 12:20:34 2007 From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama) Date: Sat, 15 Dec 2007 02:20:34 +0900 Subject: [BioRuby-ja] BioRuby 1.2.0 is released Message-ID: Hi all, I just released the BioRuby 1.2.0 at http://bioruby.org/archive/bioruby-1.2.0.tar.gz http://bioruby.org/ http://bioruby.org/rdoc/ http://rubyforge.org/projects/bioruby/ http://raa.ruby-lang.org/project/bioruby/ I also put RubyGems pacakge at RubyForge as always. % sudo gem update bio Here is a brief summary of updates snipped from the ChangeLog file. * BioRuby 1.2.0 released * BioRuby shell is improved * file save functionality is fixed * deprecated require_gem is changed to gem to suppress warnings * deprecated end_form_tag is rewrited to suppress warnings * images for Rails shell are separated to the bioruby directory * spinner is shown during the evaluation * background image in the textarea is removed for the visibility * Bio::Blast is fixed to parse -m 8 formatted result correctly * Bio::PubMed is rewrited to enhance its functionality * e.g. 'rettype' => 'count' and 'retmode' => 'xml' are available * Bio::FlatFile is improved to accept recent MEDLINE format * Bio::KEGG::COMPOUND is enhanced to utilize REMARK field * Bio::KEGG::API is fixed to skip filter when the value is Fixnum * A number of minor bug fixes Hope you enjoy. Regards, Toshiaki Katayama -- Human Genome Center, Institute of Medical Science, University of Tokyo 4-6-1 Shirokanedai, Minato-ku, Tokyo 108-0071, Japan tel://+81-3-5449-5614 fax://+81-3-5449-5434 http://www.hgc.jp/ (Human Genome Center) http://bioruby.org/ (BioRuby project) http://das.hgc.jp/ (KEGG DAS) http://www.genome.jp/kegg/soap/ (KEGG API) From k ＠ bioruby.org Fri Dec 14 12:25:51 2007 From: k ＠ bioruby.org (Toshiaki Katayama) Date: Sat, 15 Dec 2007 02:25:51 +0900 Subject: [BioRuby-ja] pubmed.rb In-Reply-To: References: Message-ID: <374E91BB-2097-4598-963E-CB4DDF83D890@bioruby.org> 二階堂さん CVS ではしばらく前に修正していましたので、 先ほどリリースした BioRuby 1.2 で直っていると思います。 念のためお試しいただければ幸いです。 片山 On 2007/12/13, at 23:42, Itoshi NIKAIDO wrote: > にかいどうです． > > Bio::PubMed#queryが使えなくなっています． > > 現在設定されているCGIのURLが変更になったのが原因のようです． > ほかのメソッドも影響があるかもしれません． > > 解決案としては3つほど考えられます． > > 1. 301に対応する > 現在のURLが301を返しているので，Bio::command#new_http > をredirectに対応するという方法があります． > > 2. 新しいURLに変更する > 132c132 > < path = "/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Text&dopt=MEDLINE&uid=" > --- >> path = "/entrez/query.fcgi?tool=bioruby&cmd=Text&dopt=MEDLINE&db=PubMed&uid=" > > 3. NCBI eUtilsへ以降する > ほかのメソッド(efetch)などはeutilsを使っているようなのでqueryはなくして > しまうか，eUtilsのURLに変更してしまうのも良いかもしれませんね． > http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From dritoshi ＠ gmail.com Fri Dec 14 12:44:58 2007 From: dritoshi ＠ gmail.com (Itoshi NIKAIDO) Date: Sat, 15 Dec 2007 02:44:58 +0900 Subject: [BioRuby-ja] pubmed.rb In-Reply-To: <374E91BB-2097-4598-963E-CB4DDF83D890@bioruby.org> References: <374E91BB-2097-4598-963E-CB4DDF83D890@bioruby.org> Message-ID: にかいどうです． CVSのほうは確認してませんでした．確かに修正されていて 実行も確認しました．ありがとうございました． では，JSBi2007 and Open-bioで! On Dec 15, 2007 2:25 AM, Toshiaki Katayama wrote: > 二階堂さん > > CVS ではしばらく前に修正していましたので、 > 先ほどリリースした BioRuby 1.2 で直っていると思います。 > 念のためお試しいただければ幸いです。 > > 片山 > > > On 2007/12/13, at 23:42, Itoshi NIKAIDO wrote: > > > にかいどうです． > > > > Bio::PubMed#queryが使えなくなっています． > > > > 現在設定されているCGIのURLが変更になったのが原因のようです． > > ほかのメソッドも影響があるかもしれません． > > > > 解決案としては3つほど考えられます． > > > > 1. 301に対応する > > 現在のURLが301を返しているので，Bio::command#new_http > > をredirectに対応するという方法があります． > > > > 2. 新しいURLに変更する > > 132c132 > > < path = "/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Text&dopt=MEDLINE&uid=" > > --- > >> path = "/entrez/query.fcgi?tool=bioruby&cmd=Text&dopt=MEDLINE&db=PubMed&uid=" > > > > 3. NCBI eUtilsへ以降する > > ほかのメソッド(efetch)などはeutilsを使っているようなのでqueryはなくして > > しまうか，eUtilsのURLに変更してしまうのも良いかもしれませんね． > > http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html > > > > -- > > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > > FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 > > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 From ktym ＠ hgc.jp Sat Dec 29 15:12:11 2007 From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama) Date: Sun, 30 Dec 2007 05:12:11 +0900 Subject: [BioRuby-ja] BioRuby 1.2.1 is released Message-ID: Hi all, I just released the BioRuby 1.2.1 including fix for BLAST 2.2.17 output. Note that this version is not yet Ruby 1.9 compliant. http://bioruby.org/archive/bioruby-1.2.1.tar.gz http://rubyforge.org/projects/bioruby/ You can see changes at http://cvs.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/ChangeLog?rev=1.79&cvsroot=bioruby P.S. Unfortunately, I removed the RAA entry for BioRuby by mistake (I need to sleep now :). I immediately re-added as a new project but our history was lost. http://raa.ruby-lang.org/project/bioruby/ I took a screenshot of the old admin screen for record. http://bioruby.org/tmp/bioruby-deleted-raa.png Happy holidays! Regards, Toshiaki Katayama -- Human Genome Center, Institute of Medical Science, University of Tokyo 4-6-1 Shirokanedai, Minato-ku, Tokyo 108-0071, Japan tel://+81-3-5449-5614 fax://+81-3-5449-5434 http://www.hgc.jp/ (Human Genome Center) http://bioruby.org/ (BioRuby project) http://das.hgc.jp/ (KEGG DAS) http://www.genome.jp/kegg/soap/ (KEGG API)