From n ＠ bioruby.org  Thu May  4 14:48:38 2006
From: n ＠ bioruby.org (Mitsuteru Nakao)
Date: Fri, 5 May 2006 03:48:38 +0900
Subject: [BioRuby-ja]
	=?iso-2022-jp?b?GyRCQCk4QjlaQUclNSUkJUgkWCROQlAbKEI=?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCMX4kSyREJCQkRhsoQg==?=
In-Reply-To: <BAY101-F21DF57DB8F321E1291769EF9B00@phx.gbl>
References: <BAY101-F21DF57DB8F321E1291769EF9B00@phx.gbl>
Message-ID: <90ca35f70605041148h3407178v918c19d4210d562c@mail.gmail.com>

川島さん

なかおです．

> ところで、別の質問ですが、biorubyに制限酵素サイトを認識するメソッドはあり
> ますでしょうか？無ければ追加していただく事は可能でしょうか？
> コンストラクト作りを手伝うようなときに、割とよく使うのです。デフォルトで、
> あると便利です。

cvs版には Bio::RestrictionEnzyme というクラスがあり，制限酵素サイトの計算ができるようです．

http://code.open-bio.org/cgi/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/util/restriction_enzyme.rb?rev=1.4&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup
からの抜粋ですが，使い方は以下のようです．

> # == Basic Usage
> #
> #   # EcoRI cut pattern:
> #   #   G|A A T T C
> #   #    +-------+
> #   #   C T T A A|G
> #   #
> #   # This can also be written as:
> #   #   G^AATTC
> #
> #   require 'bio/restriction_enzyme'
> #   require 'pp'
> #
> #   seq = Bio::Sequence::NA.new('gaattc')
> #   cuts = seq.cut_with_enzyme('EcoRI')
> #   p cuts.primary                        # ["aattc", "g"]
> #   p cuts.complement                     # ["g", "cttaa"]
> #   pp cuts                               # ==>
> #     # [#<struct Bio::RestrictionEnzyme::Analysis::UniqueFragment primary="g    ", complement="cttaa">,
> #     #  #<struct Bio::RestrictionEnzyme::Analysis::UniqueFragment primary="aattc", complement="    g">]

制限酵素の情報はREBASEから持ってきています．

http://code.open-bio.org/cgi/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/util/restriction_enzyme/enzymes.yaml?rev=1.1&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup


--
-
中尾　光輝
n ＠ bioruby.org

From kawaji ＠ unza.org  Sun May  7 14:40:47 2006
From: kawaji ＠ unza.org (Hideya KAWAJI)
Date: Mon, 8 May 2006 03:40:47 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
Message-ID: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>

bioruby-jaな皆様


かわじです
bioruby、最近使い始めたりさせていただいています。

Bio::DASを使うことで、DASサーバから
featureを入手することはできたのですが、
これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。

そこで、

1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
   Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換

2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
   GFFな一行を生成

するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)

例えば、こんな感じの操作が可能になります。

bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
II      Coding_transcript       intron  3037    3405           
Transcript 2L52.1/1639138;

が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。

---
Hideya KAWAJI

From kawaji ＠ unza.org  Mon May  8 10:46:50 2006
From: kawaji ＠ unza.org (Hideya KAWAJI)
Date: Mon, 8 May 2006 23:46:50 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
In-Reply-To: <90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>
References: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
	<90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>
Message-ID: <63567d60605080746l7fc4c823x7a3d660c751a2f09@mail.gmail.com>

かわじです

On 5/8/06, Mitsuteru Nakao <n ＠ bioruby.org> wrote:
...snip
> パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．

すみません。zipしたものを再添付します。

# 僕の環境では、ちゃんと添付されている
# みたいなのですが... gmailがおかしい？

> > Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> > featureを入手することはできたのですが、
> > これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
> >
> > そこで、
> >
> > 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
> >    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
> >
> > 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
> >    GFFな一行を生成
> >
> > するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
> >
> > 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
> >
> > bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> > bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> > bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> > bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> > II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> > Transcript 2L52.1/1639138;
> >
> > が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> > もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。
>
>
> -
> なかおみつてる
> n ＠ bioruby.org
>

From kawaji ＠ unza.org  Mon May  8 11:02:57 2006
From: kawaji ＠ unza.org (Hideya KAWAJI)
Date: Tue, 9 May 2006 00:02:57 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
In-Reply-To: <63567d60605080746l7fc4c823x7a3d660c751a2f09@mail.gmail.com>
References: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
	<90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>
	<63567d60605080746l7fc4c823x7a3d660c751a2f09@mail.gmail.com>
Message-ID: <63567d60605080802i6d592438vbc57e4cfaeb40b25@mail.gmail.com>

かわじです

たびたびすみません。

また添付に失敗しているといけないので、
httpでアクセスできるところに置きました。

  http://kawaji.unza.org/misc/060507-bioruby-gff.patch

よろしくお願いいたします。


On 5/8/06, Hideya KAWAJI <kawaji ＠ unza.org> wrote:
> かわじです
>
> On 5/8/06, Mitsuteru Nakao <n ＠ bioruby.org> wrote:
> ...snip
> > パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．
>
> すみません。zipしたものを再添付します。
>
> # 僕の環境では、ちゃんと添付されている
> # みたいなのですが... gmailがおかしい？
>
> > > Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> > > featureを入手することはできたのですが、
> > > これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
> > >
> > > そこで、
> > >
> > > 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
> > >    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
> > >
> > > 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
> > >    GFFな一行を生成
> > >
> > > するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
> > >
> > > 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
> > >
> > > bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> > > bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> > > bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> > > bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> > > II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> > > Transcript 2L52.1/1639138;
> > >
> > > が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> > > もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。
> >
> >
> > -
> > なかおみつてる
> > n ＠ bioruby.org
> >
>
>
>

From n ＠ bioruby.org  Mon May  8 09:35:04 2006
From: n ＠ bioruby.org (Mitsuteru Nakao)
Date: Mon, 8 May 2006 22:35:04 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
In-Reply-To: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
References: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
Message-ID: <90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>

かわじさん

なかおです．
ども．

パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．

> Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> featureを入手することはできたのですが、
> これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
>
> そこで、
>
> 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
>    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
>
> 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
>    GFFな一行を生成
>
> するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
>
> 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
>
> bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> Transcript 2L52.1/1639138;
>
> が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。


-
なかおみつてる
n ＠ bioruby.org

From n ＠ bioruby.org  Thu May  4 18:48:38 2006
From: n ＠ bioruby.org (Mitsuteru Nakao)
Date: Fri, 5 May 2006 03:48:38 +0900
Subject: [BioRuby-ja]
	=?iso-2022-jp?b?GyRCQCk4QjlaQUclNSUkJUgkWCROQlAbKEI=?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCMX4kSyREJCQkRhsoQg==?=
In-Reply-To: <BAY101-F21DF57DB8F321E1291769EF9B00@phx.gbl>
References: <BAY101-F21DF57DB8F321E1291769EF9B00@phx.gbl>
Message-ID: <90ca35f70605041148h3407178v918c19d4210d562c@mail.gmail.com>

川島さん

なかおです．

> ところで、別の質問ですが、biorubyに制限酵素サイトを認識するメソッドはあり
> ますでしょうか？無ければ追加していただく事は可能でしょうか？
> コンストラクト作りを手伝うようなときに、割とよく使うのです。デフォルトで、
> あると便利です。

cvs版には Bio::RestrictionEnzyme というクラスがあり，制限酵素サイトの計算ができるようです．

http://code.open-bio.org/cgi/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/util/restriction_enzyme.rb?rev=1.4&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup
からの抜粋ですが，使い方は以下のようです．

> # == Basic Usage
> #
> #   # EcoRI cut pattern:
> #   #   G|A A T T C
> #   #    +-------+
> #   #   C T T A A|G
> #   #
> #   # This can also be written as:
> #   #   G^AATTC
> #
> #   require 'bio/restriction_enzyme'
> #   require 'pp'
> #
> #   seq = Bio::Sequence::NA.new('gaattc')
> #   cuts = seq.cut_with_enzyme('EcoRI')
> #   p cuts.primary                        # ["aattc", "g"]
> #   p cuts.complement                     # ["g", "cttaa"]
> #   pp cuts                               # ==>
> #     # [#<struct Bio::RestrictionEnzyme::Analysis::UniqueFragment primary="g    ", complement="cttaa">,
> #     #  #<struct Bio::RestrictionEnzyme::Analysis::UniqueFragment primary="aattc", complement="    g">]

制限酵素の情報はREBASEから持ってきています．

http://code.open-bio.org/cgi/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/util/restriction_enzyme/enzymes.yaml?rev=1.1&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup


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-
中尾　光輝
n ＠ bioruby.org


From kawaji ＠ unza.org  Sun May  7 18:40:47 2006
From: kawaji ＠ unza.org (Hideya KAWAJI)
Date: Mon, 8 May 2006 03:40:47 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
Message-ID: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>

bioruby-jaな皆様


かわじです
bioruby、最近使い始めたりさせていただいています。

Bio::DASを使うことで、DASサーバから
featureを入手することはできたのですが、
これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。

そこで、

1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
   Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換

2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
   GFFな一行を生成

するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)

例えば、こんな感じの操作が可能になります。

bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
II      Coding_transcript       intron  3037    3405           
Transcript 2L52.1/1639138;

が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。

---
Hideya KAWAJI

From kawaji ＠ unza.org  Mon May  8 14:46:50 2006
From: kawaji ＠ unza.org (Hideya KAWAJI)
Date: Mon, 8 May 2006 23:46:50 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
In-Reply-To: <90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>
References: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
	<90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>
Message-ID: <63567d60605080746l7fc4c823x7a3d660c751a2f09@mail.gmail.com>

かわじです

On 5/8/06, Mitsuteru Nakao <n ＠ bioruby.org> wrote:
...snip
> パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．

すみません。zipしたものを再添付します。

# 僕の環境では、ちゃんと添付されている
# みたいなのですが... gmailがおかしい？

> > Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> > featureを入手することはできたのですが、
> > これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
> >
> > そこで、
> >
> > 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
> >    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
> >
> > 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
> >    GFFな一行を生成
> >
> > するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
> >
> > 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
> >
> > bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> > bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> > bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> > bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> > II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> > Transcript 2L52.1/1639138;
> >
> > が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> > もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。
>
>
> -
> なかおみつてる
> n ＠ bioruby.org
>

From kawaji ＠ unza.org  Mon May  8 15:02:57 2006
From: kawaji ＠ unza.org (Hideya KAWAJI)
Date: Tue, 9 May 2006 00:02:57 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
In-Reply-To: <63567d60605080746l7fc4c823x7a3d660c751a2f09@mail.gmail.com>
References: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
	<90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>
	<63567d60605080746l7fc4c823x7a3d660c751a2f09@mail.gmail.com>
Message-ID: <63567d60605080802i6d592438vbc57e4cfaeb40b25@mail.gmail.com>

かわじです

たびたびすみません。

また添付に失敗しているといけないので、
httpでアクセスできるところに置きました。

  http://kawaji.unza.org/misc/060507-bioruby-gff.patch

よろしくお願いいたします。


On 5/8/06, Hideya KAWAJI <kawaji ＠ unza.org> wrote:
> かわじです
>
> On 5/8/06, Mitsuteru Nakao <n ＠ bioruby.org> wrote:
> ...snip
> > パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．
>
> すみません。zipしたものを再添付します。
>
> # 僕の環境では、ちゃんと添付されている
> # みたいなのですが... gmailがおかしい？
>
> > > Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> > > featureを入手することはできたのですが、
> > > これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
> > >
> > > そこで、
> > >
> > > 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
> > >    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
> > >
> > > 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
> > >    GFFな一行を生成
> > >
> > > するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
> > >
> > > 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
> > >
> > > bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> > > bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> > > bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> > > bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> > > II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> > > Transcript 2L52.1/1639138;
> > >
> > > が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> > > もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。
> >
> >
> > -
> > なかおみつてる
> > n ＠ bioruby.org
> >
>
>
>


From n ＠ bioruby.org  Mon May  8 13:35:04 2006
From: n ＠ bioruby.org (Mitsuteru Nakao)
Date: Mon, 8 May 2006 22:35:04 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvOjpEQVMbJEIkKyRpGyhCR0ZG?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJFgkTj1QTk8bKEI=?=
In-Reply-To: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
References: <63567d60605071140x50aec060w60830b33ea124141@mail.gmail.com>
Message-ID: <90ca35f70605080635g76083665t645d900e5ae458b8@mail.gmail.com>

かわじさん

なかおです．
ども．

パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．

> Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> featureを入手することはできたのですが、
> これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
>
> そこで、
>
> 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
>    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
>
> 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
>    GFFな一行を生成
>
> するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
>
> 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
>
> bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> Transcript 2L52.1/1639138;
>
> が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。


-
なかおみつてる
n ＠ bioruby.org