From kawaji ＠ unza.org  Mon Jul  3 11:02:32 2006
From: kawaji ＠ unza.org (Hideya KAWAJI)
Date: Tue, 4 Jul 2006 00:02:32 +0900
Subject: [BioRuby-ja]
	=?iso-2022-jp?b?QmlvOjpGbGF0RmlsZS5vcGVuGyRCJE4bKEI=?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCTXhNUUp9SyEbKEI=?=
In-Reply-To: <200606291155.k5TBtO1s014645@newportal.open-bio.org>
References: <63567d60606280954o5bf6be2dvc9e5d318ab7b7d61@mail.gmail.com>
	<200606291155.k5TBtO1s014645@newportal.open-bio.org>
Message-ID: <63567d60607030802g218cf01fg829b2b3e3cdf981d@mail.gmail.com>

後藤さん

かわじです

早速の対応、ありがとうございます。
CVS headにバージョンアップすることで、下記が動作することを確認しました。

ひとまず、お礼まで。

On 6/29/06, GOTO Naohisa <ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp> wrote:
> 後藤です。
>
> On Thu, 29 Jun 2006 01:54:57 +0900
> "Hideya KAWAJI" <kawaji ＠ unza.org> wrote:
>
> > Bio::FlatFileを利用して、BLATのPSLファイル等を
> > 扱ってみようとしています。ヘッダがきちんとついている
> > 場合は扱うことができているのですが、ヘッダが無いPSLファイル
> > を扱うことができていません。
> >
> > 具体的には、
> >
> >   Bio::FlatFile.open(Bio::Blat::Report,"file_with_no_header.psl")
> >
> > として、Bio::Blat::Reportを明示的に指定してopenしてやると、
> > ヘッダの無いPSLファイルでも扱えるかと期待してみたのですが
> >
> >   1.8/gems/bio-1.0.0/lib/bio/io/flatfile.rb:571:in `next_entry':
> >   undefined method `skip_leader' for nil:NilClass (NoMethodError)
> >        from ~/ruby/1.8/gems/bio-1.0.0/lib/bio/io/flatfile.rb:609:in `each'
> >
> > というエラーでこけてしまいました。
>
> このエラーの直接の原因は、bioruby-1.0.0のバグです。
> これを解決するには、CVS HEADにバージョンアップするか、
> http://lists.open-bio.org/pipermail/bioruby-ja/attachments/20060620/e718c389/attachment.pl
> のパッチを当てれば、とりあえず凌ぐことはできると思います。
> (ただし、このパッチは不完全なので、上記エラーは解決しますが、かわりに
> br_bioflat.rbによるFlatFileのインデックス作成がうまくいかなくなる
> と思います。インデックスの検索は大丈夫です。)
> もちろん、次のリリースでは解決します。
>
> これが解決しても、Bio::Blat::Report の現在の作りでは、ヘッダ無しの
> データには対応していませんでした。幸い、簡単に対応できそうだったので、
> 対応するように先ほど変更してcvs ciしました。
>
> --
> 後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
> 大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)
>