From ktym ＠ hgc.jp  Mon Feb 27 12:45:45 2006
From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama)
Date: Tue, 28 Feb 2006 02:45:45 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?SVBBGyRCTCRGJyU9JVUlSEAuMkxKczlwGyhC?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCMnEkTjtxTkEbKEI=?=
Message-ID: <1B1C7A97-D8D9-490F-A773-5D29F8303388@hgc.jp>

皆様

先日 2/24 に、IPA の未踏ソフト成果報告会を開催しました。

Java な人や一般人が大多数でしたので深い内容のプレゼンでは
ありませんが、以下にスライドを公開します。

  http://bioruby.org/archive/doc/Japanese/BR060224-ipa.pdf

また、以下のサイトで成果報告会の模様が紹介されているそうです。

  http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/NEWS/20060227/230936/
  http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20060227/230973/

片山



From ktym ＠ hgc.jp  Mon Feb 27 12:38:03 2006
From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama)
Date: Tue, 28 Feb 2006 02:38:03 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvUnVieSAxLjAgGyRCJWolaiE8JTkbKEI=?=
Message-ID: <8D3DD8C3-1100-45FA-8565-0535230BF183@hgc.jp>

皆様

IPA 未踏ソフトに採択され開発を続けてきた BioRuby/ChemRuby ですが、
さきほど BioRuby 1.0.0 / ChemRuby 1.0.0 をリリースしました。

  http://bioruby.org/archive/bioruby-1.0.0.tar.gz
  http://chemruby.org/archive/chemruby-1.0.0.tar.gz

未踏での新機能としては 0.7 で導入した BioRuby シェルがあります。
シェルは Ruby スクリプトを書かずにインタラクティブに BioRuby の
機能を利用するための CUI です。
シェルの使い方は doc/Tutorial.rd.ja に追記しましたが、ウェブでも

  http://bioruby.org/archive/doc/Japanese/tutorial.html
  http://bioruby.org/archive/doc/Japanese/tutorial.pdf

からドキュメントを参照して頂けますので、ぜひお試しください。

  bioruby> demo

とすることで、簡単なデモを見ることもできます。

その他、この１年でユニットテストが大量に追加されました。
BioRuby インストール時に

  % ruby install.rb config
  % ruby install.rb setup

に続いて

  % ruby install.rb test

として頂くことで、テストを走らせることができます。
もし通らないテストが見つかるなどの不具合がありましたら
ぜひ報告してください。

リリース 0.6.4 以降、こまごまと仕様変更を行いましたので、
とくに非互換な変更などについては doc/Changes-0.7.rd ファイルを
参照してください。

未踏終了に合わせ、成果をとりまとめるという意味で 1.0 を
リリースしましたが、今後も開発は継続していきますので
よろしくお願いします。

当面の課題：
* ライセンスを Ruby's に変更したい
* open-uri などによる proxy への対応強化
* Bio::DAS, Bio::GFF, Bio::SQL のサポート強化
* Bio::Sequence のコンテナとしての活用
* シェル + Rails をもっと使いやすく
* グラフ系の充実と ChemRuby との連携
* さらなる網羅的なテスト

片山