From tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp  Sun Apr 23 03:24:20 2006
From: tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp (Tomoaki NISHIYAMA)
Date: Sun, 23 Apr 2006 16:24:20 +0900
Subject: [BioRuby-ja] number of white space before Score in format0.rb
Message-ID: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>

こんにちは

format0として、blastの出力をparseしたときに、最後の 
方のヒットについて
同じidが２度検出されるという現象にあたりまして，調べていく 
と、

 >ref|NP_197965.1| kinase [Arabidopsis thaliana]
gb|AAO42089.1| putative receptor protein kinase [Arabidopsis thaliana]
gb|AAD40144.1| contains similarity to protein kinase domains (Pfam  
F00069,
             Score=162.6, E=6.8e-45, N=1) and leucien rich repeats
             (Pfam PF00560, Score=210.7, E=2.2e-59, N=10) [Arabidopsis
             thaliana]
           Length = 1005

Score =  367 bits (942), Expect = 2e-99
Identities = 298/985 (30%), Positives = 476/985 (48%), Gaps = 108/985  
(10%)

のようなエントリが検出されていない事がわかりました。
想像される事は、エントリのdefinitionの後ろの方に 
Score=で始まる行が来ているせいだろうと思い、
format0.rbの/^\s+Score/と言うのを/^ Score/に直すと一 
応予定通り全てのidを一回ずつ
得る事が出来るようでした。

"Score"の前のspaceの個数が一つじゃない事はあるのかもしれま 
せんが、
任意に変動する事も無いでしょうから、実際に取りうる個数に制限した 
方が良いのじゃないかと思います。
あるいは、空行の直後である事を確認するか、、、

% diff -u ~/bioruby/lib/bio/appl/blast/format0.rb format0.rb
--- /home/tomoaki/bioruby/lib/bio/appl/blast/format0.rb 2006-04-23  
16:04:50.000000000 +0900
+++ format0.rb  2006-04-23 16:03:18.000000000 +0900
@@ -780,7 +780,7 @@
            def initialize(data)
              @f0hitname = data.shift
              @hsps = []
-            while r = data[0] and /^\s+Score/ =~ r
+            while r = data[0] and /^ Score/ =~ r
                @hsps << HSP.new(data)
              end
              @again = false

-- 
西山智明

金沢大学学際科学実験センター
ゲノム機能解析分野
(920-0934 金沢市宝町１3−１)

Tomoaki NISHIYAMA
Advanced Science Research Center,
Kanazawa University,
13-1 Takara-machi
Kanazawa, 920-0934 Japan



From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Sun Apr 23 06:38:34 2006
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (GOTO Naohisa)
Date: Sun, 23 Apr 2006 19:38:34 +0900
Subject: [BioRuby-ja] number of white space before Score in format0.rb
In-Reply-To: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>
References: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>
Message-ID: <20060423193834.42d6a0bd.ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp>

後藤です。

On Sun, 23 Apr 2006 16:24:20 +0900
Tomoaki NISHIYAMA <tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp> wrote:

> format0として、blastの出力をparseしたときに、最後の 
> 方のヒットについて
> 同じidが２度検出されるという現象にあたりまして，調べていく 
> と、
> 
>  >ref|NP_197965.1| kinase [Arabidopsis thaliana]
> gb|AAO42089.1| putative receptor protein kinase [Arabidopsis thaliana]
> gb|AAD40144.1| contains similarity to protein kinase domains (Pfam  
> F00069,
>              Score=162.6, E=6.8e-45, N=1) and leucien rich repeats
>              (Pfam PF00560, Score=210.7, E=2.2e-59, N=10) [Arabidopsis
>              thaliana]
>            Length = 1005
> 
> Score =  367 bits (942), Expect = 2e-99
> Identities = 298/985 (30%), Positives = 476/985 (48%), Gaps = 108/985  
> (10%)
> 
> のようなエントリが検出されていない事がわかりました。
> 想像される事は、エントリのdefinitionの後ろの方に 
> Score=で始まる行が来ているせいだろうと思い、

気が付きませんでした。
2番目以降のヒットに上記のような文字列を含んだヒットが来ると、
それをHSPの続きと誤認してしまう模様です。その結果、
そのヒットは無かったことにされてしまいます。そして、
「HSPアライメント出力に存在するヒットの数」と
「BLAST結果の先頭にあるヒット一覧の数」に不一致が生じます。
（HSPアライメント出力に存在するヒットの数が少なくなる。）

BLASTはデフォルトでは250以上のHSPアライメントは出力しない
(blastallの-bオプションで変更可能)ため、それに備えて、
format0.rbでは、HSPアライメント出力が無い場合であっても、
BLAST結果の先頭にあるヒット一覧だけを見てHitオブジェクトを
作成するようになっていますが、それが発動し、
「同じidが二度検出される」が起こるのだと思います。

> format0.rbの/^\s+Score/と言うのを/^ Score/に直すと一 
> 応予定通り全てのidを一回ずつ
> 得る事が出来るようでした。
>
> "Score"の前のspaceの個数が一つじゃない事はあるのかもしれま 
> せんが、
> 任意に変動する事も無いでしょうから、実際に取りうる個数に制限した 
> 方が良いのじゃないかと思います。
> あるいは、空行の直後である事を確認するか、、、

万一のことを考えると「空行の直後である事を確認」のほうが好ましい
ような気がします。format0.rb では、処理の最初のほうで
「空行(スペースやタブだけを含む行も空行とみなす)でsplitする」
をやっていて、その結果が data に入ってるので、
 ^ (行の先頭)ではなく \A (文字列の先頭)にして、

@@ -783 +783 @@
-            while r = data[0] and /^\s+Score/ =~ r
+            while r = data[0] and /\A\s+Score/ =~ r

ではどうでしょうか？
まだ、ちゃんとした動作確認はしていませんが…

-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)

From tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp  Sun Apr 23 08:26:28 2006
From: tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp (Tomoaki NISHIYAMA)
Date: Sun, 23 Apr 2006 21:26:28 +0900
Subject: [BioRuby-ja] number of white space before Score in format0.rb
In-Reply-To: <20060423193834.42d6a0bd.ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp>
References: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>
	<20060423193834.42d6a0bd.ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp>
Message-ID: <FDEB2A17-7DFB-406E-9BEF-F9990BC9F2B7@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>

後藤様

早速の返事ありがとうございます。

On 2006/04/23, at 19:38, GOTO Naohisa wrote:

>  ^ (行の先頭)ではなく \A (文字列の先頭)にし 
> て、
>
> @@ -783 +783 @@
> -            while r = data[0] and /^\s+Score/ =~ r
> +            while r = data[0] and /\A\s+Score/ =~ r
>
> ではどうでしょうか？

\Aで今回の例では問題なく処理できるようです。
この状態でしばらく様子を見たいと思います。
-- 
Tomoaki NISHIYAMA

Advanced Science Research Center,
Kanazawa University,
13-1 Takara-machi,
Kanazawa, 920-0934, Japan


From kawashima_38 ＠ hotmail.com  Sat Apr 29 01:16:21 2006
From: kawashima_38 ＠ hotmail.com (=?iso-2022-jp?B?GyRCQG5FZxsoQiAbJEJJcDtOGyhC?=)
Date: Sat, 29 Apr 2006 14:16:21 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?YmlvcnVieSB2ZXJzaW9uIDEuMC4w?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJEskRCQkJEYbKEI=?=
Message-ID: <BAY101-F1823AAB71BDA70E1A3AD83F9B30@phx.gbl>

biorubyメーリングリストの皆様

カリフォルニア大学バークレー校の川島です。
（アドレスを、変更しました。）

　最近、v.1.0.0に変更したのですが、変更がいろいろあったようで、
すこし戸惑っています。

たとえば、なにかfastaのファイルを次のプログラムにわたすと

#!/usr/local/bin/ruby

require 'bio'
include Bio

ff = FlatFile.new(FastaFormat, ARGF)
ff.each do |x|
  puts x
end

/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos': no stream to 
tell (ArgumentError)
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:342:in 
`get_entry'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:573:in 
`next_entry'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:609:in `each'
        from hoge.rb:7

と、エラーがでてしまいます。
どこを修正すればよろしいでしょうか？
（bioruby-0.6.4にもどすと、エラーがでなくなります。）

　よろしくお願いします。

_________________________________________________________________
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From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Sat Apr 29 23:12:52 2006
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (GOTO Naohisa)
Date: Sun, 30 Apr 2006 12:12:52 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?YmlvcnVieSB2ZXJzaW9uIDEuMC4w?=
 =?iso-2022-jp?b?GyRCJEskRCQkJEYbKEI=?=
In-Reply-To: <BAY101-F1823AAB71BDA70E1A3AD83F9B30@phx.gbl>
References: <BAY101-F1823AAB71BDA70E1A3AD83F9B30@phx.gbl>
Message-ID: <200604300312.k3U3CrqM003045@idns103.gen-info.osaka-u.ac.jp>

> 　最近、v.1.0.0に変更したのですが、変更がいろいろあったようで、
> すこし戸惑っています。

仕様を変えたところについては doc/Changes-0.7.rd に書いています。
しかし、書いていないのに仕様や挙動が変わっているところもあると
思いますので、ご指摘ください。

ただし、↓は変更ではなく、バグです。
bioruby-1.0.1を近日中にリリースするはず、ですが、
それまでの間は添付のパッチを当ててください。
(あるいは、CVS最新版を使ってください。)

> たとえば、なにかfastaのファイルを次のプログラムにわたすと
> 
> #!/usr/local/bin/ruby
> 
> require 'bio'
> include Bio
> 
> ff = FlatFile.new(FastaFormat, ARGF)
> ff.each do |x|
>   puts x
> end
> 
> /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos': no stream to 
> tell (ArgumentError)
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:342:in 
> `get_entry'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:573:in 
> `next_entry'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:609:in `each'
>         from hoge.rb:7
> 
> と、エラーがでてしまいます。
> どこを修正すればよろしいでしょうか？
> （bioruby-0.6.4にもどすと、エラーがでなくなります。）
> 
> 　よろしくお願いします。

-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)

-------------- next part --------------
文字コード指定の無い添付文書を保管しました...
名前: flatfile.diff
URL:  http://lists.open-bio.org/pipermail/bioruby-ja/attachments/20060430/8b521e3f/attachment.pl 

From kawashima_38 ＠ hotmail.com  Sun Apr 30 15:45:55 2006
From: kawashima_38 ＠ hotmail.com (=?iso-2022-jp?B?GyRCQG5FZxsoQiAbJEJJcDtOGyhC?=)
Date: Mon, 01 May 2006 04:45:55 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?GyRCQCk4QjlaQUclNSUkJUgkWCROQlAbKEI=?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCMX4kSyREJCQkRhsoQg==?=
Message-ID: <BAY101-F21DF57DB8F321E1291769EF9B00@phx.gbl>

biorubyメーリングリストの皆様

バークレーの川島武士です。

後藤様
　ver1.0.0に関する対応ありがとうございました。

　ところで、別の質問ですが、biorubyに制限酵素サイトを認識するメソッドはあり
ますでしょうか？無ければ追加していただく事は可能でしょうか？
　コンストラクト作りを手伝うようなときに、割とよく使うのです。デフォルトで、
あると便利です。
　制限酵素認識サイトは、シンメトリックですから簡単なプログラムですが、
　自分で毎回書いていて、認識サイトの書き間違いが無いか心配なのです。
　（なにか手伝える事があったら、お伝えください。よく使う制限酵素と認識サイト
のテーブルとかなら作ります。）


具体的には
　nuc = "atggctgatGGATCCccctgtggtctagatttt"
  などのときに、
　nuc.cut_by_restriction_enzyme(BamHI)  
     => [["atggctgatg", "gatccccctgtggtctagatttt"]["G/GATCC"]]
などのイメージです。
(いや、これだと使いにくいかもしれません。切り口の表現は難しいですね、実際
は、
atggctgatg         ctagcccctgtggtctagatttt
taccgactacgatc         ggggacaccatatctaaaa
なので。）

一番頻繁につかうのは、
　nuc.cut_by_restriction_enzyme(BamHI, XhoI)  　
  => [["atggctgatg"], ["gatccccctgtggt"], ["ctagatttt"]]["G/GATCC", 
"T/CTAGA"]]
  のような使い方だとおもうのですが。
　（BamHIとXhoIに挟まれたサイト"gatccccctgtggt"を切り取ってくる。）

それと、使える制限酵素処理を一覧できるような便利メソッドがあるとありがたいで
す。

  frequent_base_cutter(6)
   =>[
      ["ActII", "Acetobacter aceti", "GACGT/C"] ,
      ["ApoI", "Arthobacter posteurianus", "GGGCC/C"] ,
      ["BamHI", "Bacillys amyloliquefaciens", "G/GATCC"] .
      .....]

  frequent_base_cutter(4)
   =>[
      ["AluI", "Arthobacter luteus", "AG/CT"] ,
      .....]

　rare_base_cutter(6)
   => ["BstMI", "?", "AGT/ACT"]


　　川島武士@UCB&JGI

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From tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp  Sun Apr 23 07:24:20 2006
From: tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp (Tomoaki NISHIYAMA)
Date: Sun, 23 Apr 2006 16:24:20 +0900
Subject: [BioRuby-ja] number of white space before Score in format0.rb
Message-ID: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>

こんにちは

format0として、blastの出力をparseしたときに、最後の 
方のヒットについて
同じidが２度検出されるという現象にあたりまして，調べていく 
と、

 >ref|NP_197965.1| kinase [Arabidopsis thaliana]
gb|AAO42089.1| putative receptor protein kinase [Arabidopsis thaliana]
gb|AAD40144.1| contains similarity to protein kinase domains (Pfam  
F00069,
             Score=162.6, E=6.8e-45, N=1) and leucien rich repeats
             (Pfam PF00560, Score=210.7, E=2.2e-59, N=10) [Arabidopsis
             thaliana]
           Length = 1005

Score =  367 bits (942), Expect = 2e-99
Identities = 298/985 (30%), Positives = 476/985 (48%), Gaps = 108/985  
(10%)

のようなエントリが検出されていない事がわかりました。
想像される事は、エントリのdefinitionの後ろの方に 
Score=で始まる行が来ているせいだろうと思い、
format0.rbの/^\s+Score/と言うのを/^ Score/に直すと一 
応予定通り全てのidを一回ずつ
得る事が出来るようでした。

"Score"の前のspaceの個数が一つじゃない事はあるのかもしれま 
せんが、
任意に変動する事も無いでしょうから、実際に取りうる個数に制限した 
方が良いのじゃないかと思います。
あるいは、空行の直後である事を確認するか、、、

% diff -u ~/bioruby/lib/bio/appl/blast/format0.rb format0.rb
--- /home/tomoaki/bioruby/lib/bio/appl/blast/format0.rb 2006-04-23  
16:04:50.000000000 +0900
+++ format0.rb  2006-04-23 16:03:18.000000000 +0900
@@ -780,7 +780,7 @@
            def initialize(data)
              @f0hitname = data.shift
              @hsps = []
-            while r = data[0] and /^\s+Score/ =~ r
+            while r = data[0] and /^ Score/ =~ r
                @hsps << HSP.new(data)
              end
              @again = false

-- 
西山智明

金沢大学学際科学実験センター
ゲノム機能解析分野
(920-0934 金沢市宝町１3−１)

Tomoaki NISHIYAMA
Advanced Science Research Center,
Kanazawa University,
13-1 Takara-machi
Kanazawa, 920-0934 Japan




From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Sun Apr 23 10:38:34 2006
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (GOTO Naohisa)
Date: Sun, 23 Apr 2006 19:38:34 +0900
Subject: [BioRuby-ja] number of white space before Score in format0.rb
In-Reply-To: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>
References: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>
Message-ID: <20060423193834.42d6a0bd.ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp>

後藤です。

On Sun, 23 Apr 2006 16:24:20 +0900
Tomoaki NISHIYAMA <tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp> wrote:

> format0として、blastの出力をparseしたときに、最後の 
> 方のヒットについて
> 同じidが２度検出されるという現象にあたりまして，調べていく 
> と、
> 
>  >ref|NP_197965.1| kinase [Arabidopsis thaliana]
> gb|AAO42089.1| putative receptor protein kinase [Arabidopsis thaliana]
> gb|AAD40144.1| contains similarity to protein kinase domains (Pfam  
> F00069,
>              Score=162.6, E=6.8e-45, N=1) and leucien rich repeats
>              (Pfam PF00560, Score=210.7, E=2.2e-59, N=10) [Arabidopsis
>              thaliana]
>            Length = 1005
> 
> Score =  367 bits (942), Expect = 2e-99
> Identities = 298/985 (30%), Positives = 476/985 (48%), Gaps = 108/985  
> (10%)
> 
> のようなエントリが検出されていない事がわかりました。
> 想像される事は、エントリのdefinitionの後ろの方に 
> Score=で始まる行が来ているせいだろうと思い、

気が付きませんでした。
2番目以降のヒットに上記のような文字列を含んだヒットが来ると、
それをHSPの続きと誤認してしまう模様です。その結果、
そのヒットは無かったことにされてしまいます。そして、
「HSPアライメント出力に存在するヒットの数」と
「BLAST結果の先頭にあるヒット一覧の数」に不一致が生じます。
（HSPアライメント出力に存在するヒットの数が少なくなる。）

BLASTはデフォルトでは250以上のHSPアライメントは出力しない
(blastallの-bオプションで変更可能)ため、それに備えて、
format0.rbでは、HSPアライメント出力が無い場合であっても、
BLAST結果の先頭にあるヒット一覧だけを見てHitオブジェクトを
作成するようになっていますが、それが発動し、
「同じidが二度検出される」が起こるのだと思います。

> format0.rbの/^\s+Score/と言うのを/^ Score/に直すと一 
> 応予定通り全てのidを一回ずつ
> 得る事が出来るようでした。
>
> "Score"の前のspaceの個数が一つじゃない事はあるのかもしれま 
> せんが、
> 任意に変動する事も無いでしょうから、実際に取りうる個数に制限した 
> 方が良いのじゃないかと思います。
> あるいは、空行の直後である事を確認するか、、、

万一のことを考えると「空行の直後である事を確認」のほうが好ましい
ような気がします。format0.rb では、処理の最初のほうで
「空行(スペースやタブだけを含む行も空行とみなす)でsplitする」
をやっていて、その結果が data に入ってるので、
 ^ (行の先頭)ではなく \A (文字列の先頭)にして、

@@ -783 +783 @@
-            while r = data[0] and /^\s+Score/ =~ r
+            while r = data[0] and /\A\s+Score/ =~ r

ではどうでしょうか？
まだ、ちゃんとした動作確認はしていませんが…

-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)


From tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp  Sun Apr 23 12:26:28 2006
From: tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp (Tomoaki NISHIYAMA)
Date: Sun, 23 Apr 2006 21:26:28 +0900
Subject: [BioRuby-ja] number of white space before Score in format0.rb
In-Reply-To: <20060423193834.42d6a0bd.ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp>
References: <BB48A786-E4DD-4E15-9638-E963000887C9@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>
	<20060423193834.42d6a0bd.ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp>
Message-ID: <FDEB2A17-7DFB-406E-9BEF-F9990BC9F2B7@kenroku.kanazawa-u.ac.jp>

後藤様

早速の返事ありがとうございます。

On 2006/04/23, at 19:38, GOTO Naohisa wrote:

>  ^ (行の先頭)ではなく \A (文字列の先頭)にし 
> て、
>
> @@ -783 +783 @@
> -            while r = data[0] and /^\s+Score/ =~ r
> +            while r = data[0] and /\A\s+Score/ =~ r
>
> ではどうでしょうか？

\Aで今回の例では問題なく処理できるようです。
この状態でしばらく様子を見たいと思います。
-- 
Tomoaki NISHIYAMA

Advanced Science Research Center,
Kanazawa University,
13-1 Takara-machi,
Kanazawa, 920-0934, Japan



From kawashima_38 ＠ hotmail.com  Sat Apr 29 05:16:21 2006
From: kawashima_38 ＠ hotmail.com (=?iso-2022-jp?B?GyRCQG5FZxsoQiAbJEJJcDtOGyhC?=)
Date: Sat, 29 Apr 2006 14:16:21 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?YmlvcnVieSB2ZXJzaW9uIDEuMC4w?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCJEskRCQkJEYbKEI=?=
Message-ID: <BAY101-F1823AAB71BDA70E1A3AD83F9B30@phx.gbl>

biorubyメーリングリストの皆様

カリフォルニア大学バークレー校の川島です。
（アドレスを、変更しました。）

　最近、v.1.0.0に変更したのですが、変更がいろいろあったようで、
すこし戸惑っています。

たとえば、なにかfastaのファイルを次のプログラムにわたすと

#!/usr/local/bin/ruby

require 'bio'
include Bio

ff = FlatFile.new(FastaFormat, ARGF)
ff.each do |x|
  puts x
end

/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos': no stream to 
tell (ArgumentError)
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:342:in 
`get_entry'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:573:in 
`next_entry'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:609:in `each'
        from hoge.rb:7

と、エラーがでてしまいます。
どこを修正すればよろしいでしょうか？
（bioruby-0.6.4にもどすと、エラーがでなくなります。）

　よろしくお願いします。

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From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp  Sun Apr 30 03:12:52 2006
From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (GOTO Naohisa)
Date: Sun, 30 Apr 2006 12:12:52 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?YmlvcnVieSB2ZXJzaW9uIDEuMC4w?=
 =?iso-2022-jp?b?GyRCJEskRCQkJEYbKEI=?=
In-Reply-To: <BAY101-F1823AAB71BDA70E1A3AD83F9B30@phx.gbl>
References: <BAY101-F1823AAB71BDA70E1A3AD83F9B30@phx.gbl>
Message-ID: <200604300312.k3U3CrqM003045@idns103.gen-info.osaka-u.ac.jp>

> 　最近、v.1.0.0に変更したのですが、変更がいろいろあったようで、
> すこし戸惑っています。

仕様を変えたところについては doc/Changes-0.7.rd に書いています。
しかし、書いていないのに仕様や挙動が変わっているところもあると
思いますので、ご指摘ください。

ただし、↓は変更ではなく、バグです。
bioruby-1.0.1を近日中にリリースするはず、ですが、
それまでの間は添付のパッチを当ててください。
(あるいは、CVS最新版を使ってください。)

> たとえば、なにかfastaのファイルを次のプログラムにわたすと
> 
> #!/usr/local/bin/ruby
> 
> require 'bio'
> include Bio
> 
> ff = FlatFile.new(FastaFormat, ARGF)
> ff.each do |x|
>   puts x
> end
> 
> /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos': no stream to 
> tell (ArgumentError)
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:342:in 
> `get_entry'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:573:in 
> `next_entry'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:609:in `each'
>         from hoge.rb:7
> 
> と、エラーがでてしまいます。
> どこを修正すればよろしいでしょうか？
> （bioruby-0.6.4にもどすと、エラーがでなくなります。）
> 
> 　よろしくお願いします。

-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)

-------------- next part --------------
文字コード指定の無い添付文書を保管しました...
名前: flatfile.diff
URL:  <http://lists.open-bio.org/pipermail/bioruby-ja/attachments/20060430/8b521e3f/attachment.ksh>

From kawashima_38 ＠ hotmail.com  Sun Apr 30 19:45:55 2006
From: kawashima_38 ＠ hotmail.com (=?iso-2022-jp?B?GyRCQG5FZxsoQiAbJEJJcDtOGyhC?=)
Date: Mon, 01 May 2006 04:45:55 +0900
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?GyRCQCk4QjlaQUclNSUkJUgkWCROQlAbKEI=?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCMX4kSyREJCQkRhsoQg==?=
Message-ID: <BAY101-F21DF57DB8F321E1291769EF9B00@phx.gbl>

biorubyメーリングリストの皆様

バークレーの川島武士です。

後藤様
　ver1.0.0に関する対応ありがとうございました。

　ところで、別の質問ですが、biorubyに制限酵素サイトを認識するメソッドはあり
ますでしょうか？無ければ追加していただく事は可能でしょうか？
　コンストラクト作りを手伝うようなときに、割とよく使うのです。デフォルトで、
あると便利です。
　制限酵素認識サイトは、シンメトリックですから簡単なプログラムですが、
　自分で毎回書いていて、認識サイトの書き間違いが無いか心配なのです。
　（なにか手伝える事があったら、お伝えください。よく使う制限酵素と認識サイト
のテーブルとかなら作ります。）


具体的には
　nuc = "atggctgatGGATCCccctgtggtctagatttt"
  などのときに、
　nuc.cut_by_restriction_enzyme(BamHI)  
     => [["atggctgatg", "gatccccctgtggtctagatttt"]["G/GATCC"]]
などのイメージです。
(いや、これだと使いにくいかもしれません。切り口の表現は難しいですね、実際
は、
atggctgatg         ctagcccctgtggtctagatttt
taccgactacgatc         ggggacaccatatctaaaa
なので。）

一番頻繁につかうのは、
　nuc.cut_by_restriction_enzyme(BamHI, XhoI)  　
  => [["atggctgatg"], ["gatccccctgtggt"], ["ctagatttt"]]["G/GATCC", 
"T/CTAGA"]]
  のような使い方だとおもうのですが。
　（BamHIとXhoIに挟まれたサイト"gatccccctgtggt"を切り取ってくる。）

それと、使える制限酵素処理を一覧できるような便利メソッドがあるとありがたいで
す。

  frequent_base_cutter(6)
   =>[
      ["ActII", "Acetobacter aceti", "GACGT/C"] ,
      ["ApoI", "Arthobacter posteurianus", "GGGCC/C"] ,
      ["BamHI", "Bacillys amyloliquefaciens", "G/GATCC"] .
      .....]

  frequent_base_cutter(4)
   =>[
      ["AluI", "Arthobacter luteus", "AG/CT"] ,
      .....]

　rare_base_cutter(6)
   => ["BstMI", "?", "AGT/ACT"]


　　川島武士@UCB&JGI

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