From ktym ＠ hgc.jp  Thu Sep  1 03:34:53 2005
From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama)
Date: Thu Sep  1 03:52:29 2005
Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?QmlvUnVieSAwLjYuNCAbJEIlaiVqGyhC?=
	=?iso-2022-jp?b?GyRCITwlORsoQg==?=
Message-ID: <7DB5126B-C40D-4EE0-A17B-FBCDB3763FC8@hgc.jp>

BioRuby 0.6.4 をリリースしました。

  http://bioruby.org/archive/bioruby-0.6.4.tar.gz

先日リリースした 0.6.3 には互換性で問題が見つかったので
アナウンスを控えていました。

0.6.4 では以下の拡張とバグフィックスを行っています。

* 二階堂さんによる siRNA を設計するクラス
  (lib/bio/util/sirna.rb)

* 重信さんによる fastacmd のラッパー
  (lib/bio/io/fastacmd.rb)

* 西山さんによる bl2seq のパーザ
  (lib/bio/appl/bl2seq/report.rb)

* アプリケーション実行用のクラスを作りやすくするモジュール
  (lib/bio/command.rb)

* FlatFile クラスの自動認識で Blast の出力, Spidey, Blat, Sim4 と
  KEGG の KO, GLYCAN, REACTION に対応。

* Luca Pireddu さんによる SPTR クラスへのメソッドの追加
  (lib/bio/db/embl/sptr.rb)

* external2go パーザ (lib/bio/db/go.rb)

* アミノ酸、塩基の分子量計算を少し正確に、名前とコードを変換する
  メソッドなどの追加 (lib/bio/data/)

* 藤田さんによる HMMER の出力をまれにパースできなかったバグの修正、
  GenomeNet の仕様変更で動かなくなっていた blast, fasta のリモート
  実行の修正

など。

# 今後、未踏の成果は 0.7 シリーズに盛り込まれる予定です。

片山