From tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp Sun May 1 20:58:48 2005 From: tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp (Tomoaki NISHIYAMA) Date: Sun May 1 20:51:55 2005 Subject: [BioRuby-ja] Re: Open3 In-Reply-To: References: <1f1a40e65b7afa20489b5fd3a63232cc@hgc.jp> <200504230456.AA02213@naozane.develop.zool.kyoto-u.ac.jp> <426E7CAA.7060809@nibb.ac.jp> Message-ID: こんにちは 西山です。 > プログラムが変というよりは、現在のrubyの仕様がいまいちなのだと思うのですが、 > >> inn, out, err = Open3.popen3(cmd) > > の前に、STDOUT.flushを入れておかないと、STDOUTのバッファに > 残っていたデータがあると2重に出力されてしまうと思われます。 > 原理的には、STDERRもですが、　STDERRは普通バッファリングしないので大丈夫でしょう。 > これから、この件で、ruby-devの方にメールを書こうと思っています。 どうも、1.8.2になる前、去年の11月に入った修正によって、 STDOUTとSTDERRはforkする直前にflushされるようになったので、 ruby 1.8.2以降では大丈夫なようです。 ruby 1.8.2　preview2　以前だとだめらしいです。 ちょうど、私がruby-1.8.2 のpreview2を使っていたのがいけなかったということで、 1.8.2以降を使う事という注意のもとでは大丈夫な模様です。 先のテストプログラムも、1.8.2では正常な出力になります。 -- 西山智明 金沢大学学際科学実験センター From itoshi ＠ gsc.riken.go.jp Sat May 21 18:08:51 2005 From: itoshi ＠ gsc.riken.go.jp (Itoshi NIKAIDO) Date: Sat May 21 18:01:29 2005 Subject: [BioRuby-ja] New library for Simple Interaction File Message-ID: にかいどうです。 オープンソースの分子相互作用ネットワークビューアCytoscape http://www.cytoscape.org/ が入出力するSimple Interaction File (SIF)のライブラリを 作成しました。BioRubyの取り込んで頂けると嬉しいです。 作成したライブラリは以下に置きました。 http://itoshi.tv/p/bioruby/sif.tar.bz2 含まれるファイルの詳細は以下のとおりです。 sif.rb: ライブラリ本体 sample_sif.rb: サンプルスクリプト sample.sif: サンプルスクリプトが出力するSIF sample.png: sample.sifをCytosacpeへ取り込んでネットワーク を描画した図 -- 二階堂愛, Ph.D. / http://itoshi.tv/ 埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター ゲノム科学部門 〒350-1241 埼玉県日高市山根1397-1 tel: 042-985-7318 fax: 042-985-7329 From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp Mon May 23 04:52:21 2005 From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (GOTO Naohisa) Date: Mon May 23 04:44:52 2005 Subject: [BioRuby-ja] New library for Simple Interaction File In-Reply-To: References: Message-ID: <200505230844.j4N8iZfY005787@portal.open-bio.org> 後藤です。 On Sun, 22 May 2005 07:08:51 +0900 Itoshi NIKAIDO wrote: > にかいどうです。 > > オープンソースの分子相互作用ネットワークビューアCytoscape > http://www.cytoscape.org/ > > が入出力するSimple Interaction File (SIF)のライブラリを > 作成しました。BioRubyの取り込んで頂けると嬉しいです。 ざっと見たところ、 SIF クラス -- SIF全体のデータ構造 SIF::Interaction クラス -- 枝(相互作用)のデータ のクラスが存在するわけですね。 Bio::Relation や Bio::Pathway との関係はどうすればいいでしょうか？ 違う概念のものなので独立したままでいいか、何らかの形で統合するか、 変換するメソッドを用意するか、等々。 -- 後藤 直久 ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp 大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研) From itoshi ＠ gsc.riken.go.jp Mon May 23 22:45:43 2005 From: itoshi ＠ gsc.riken.go.jp (Itoshi NIKAIDO) Date: Mon May 23 22:38:22 2005 Subject: [BioRuby-ja] New library for Simple Interaction File In-Reply-To: <200505230844.j4N8iZfY005787@portal.open-bio.org> References: <200505230844.j4N8iZfY005787@portal.open-bio.org> Message-ID: 後藤さん にかいどうです。 コメントありがとうございます。 あ、Bio::Pathway をちゃんとみてませんでした。 Bio::SIFは包含されそうですので、SIFの入出力に 関するメソッドなりを用意するのがよいかもしれませんね。 考えてみます。 On 2005/05/23, at 17:52, GOTO Naohisa wrote: > ざっと見たところ、 > SIF クラス -- SIF全体のデータ構造 > SIF::Interaction クラス -- 枝(相互作用)の > データ > のクラスが存在するわけですね。 > > Bio::Relation や Bio::Pathway との関係はどうすればいいで > しょうか？ > 違う概念のものなので独立したままでいいか、何らかの形で統合する > か、 > 変換するメソッドを用意するか、等々。 -- 二階堂愛, Ph.D. / http://itoshi.tv/ 埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター ゲノム科学部門 〒350-1241 埼玉県日高市山根1397-1 tel: 042-985-7318 fax: 042-985-7329 From tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp Tue May 31 21:18:28 2005 From: tomoakin ＠ kenroku.kanazawa-u.ac.jp (Tomoaki NISHIYAMA) Date: Tue May 31 21:11:05 2005 Subject: [BioRuby-ja] Bio::Blast::Default::Report.to_s (format0) Message-ID: こんにちは、 多数のblastの結果がまとまっているファイルを分割したり、 特定の条件を満たす結果をそのまま抽出したりすることを考えると、 Bio::Blast::Default::Report.to_sでそのまま、 一個分の結果を返すようになっていると便利だと思います。 -- 西山智明 金沢大学学際科学実験センター % diff -c format0.rb.orig format0.rb *** format0.rb.orig Sat Oct 30 23:28:33 2004 --- format0.rb Wed Jun 1 10:04:44 2005 *************** *** 43,48 **** --- 43,49 ---- str = str.sub(/\A\s+/, '') str.sub!(/\n(T?BLAST.*)/m, "\n") # remove trailing entries for sure @entry_overrun = $1 + @to_s=str data = str.split(/(?:^[ \t]*\n)+/) format0_split_headers(data) *************** *** 50,55 **** --- 51,57 ---- format0_split_stat_params(data) end attr_reader :entry_overrun + attr_reader :to_s attr_reader :f0header, :f0reference, :f0query, :f0database, :f0dbstat attr_reader :iterations