From k ＠ bioruby.org Tue Feb 1 02:25:38 2005 From: k ＠ bioruby.org (Toshiaki Katayama) Date: Tue Feb 1 02:21:53 2005 Subject: [BioRuby-ja] =?utf-8?b?56ys77yR5Zue44Kq44O844OX44Oz44OQ44Kk44Kq?= =?utf-8?b?56CU56m25Lya77yG56ys77+944Gi5ZueU0lHLUJNS+OBruW+oeahiOWGhQ==?= Message-ID: <1324b99df9b92a33bd93a84fabec7673@bioruby.org> 皆様（マルチポスト失礼いたします） 昨年末に GIW で行なった「オープンバイオBOF」にひきつづき、 3/11-12 に JAIST にて「第１回オープンバイオ研究会」を開催する こととなりました。 今回は「第３回人工知能学会生命知識研究会（SIG-BMK）」との 共催という形で、宿泊つきの研究会にすることができました。 詳しくは下記 URL をご参照ください： http://open-bio.jp/?meeting1 「オープンバイオBOF」では質疑応答の時間も取れない状態でしたが、 今回は時間が十分にありますので、発表だけでなくハンズオンセミナーも 企画してみました。講演で話を聞くだけの研究会ではなく、夜の部を 含めお互いにじっくりと交流を図るよい機会になると思います。 研究会の内容については、これから open-bio-info メーリングリスト （http://open-bio.jp/ からどなたでもご登録頂けます）で話し合って いきたいと思いますので、ぜひご参加ください。 以下、共催となる「第３回人工知能学会生命知識研究会（SIG-BMK）」の ご案内を転送させて頂きます。 * どちらの研究会から参加される場合も、宿泊を希望される方は登録が必要です。 * 参加登録は SIG-BMK と共通で、以下のページからお願いします。 http://www.jaist.ac.jp/~ken/sigbmk/reserve.html * 以下のページの、参加登録についての注意点もご参照ください。 http://open-bio.jp/hiki.cgi?meeting1 オープンバイオ研究会は、ボランティアの有志で開催するものです。 第２回以降のオープンバイオ研究会が単独で行われるか、どこかの 研究会等と併催という形になるか、そもそも開催されるのか、 まだ全く未定ですが、まずは今回の SIG-BMK との共催が双方にとって 有益なものになることを期待しています。 以上、よろしくお願いします。 片山 俊明 -- 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター ゲノムデータベース分野 助手 〒108-0071 東京都港区白金台 4-6-1 03-5449-5614 (fax:5434) Begin forwarded message: > From: Kenji Satou > Date: 2005年1月28日 16:14:22:JST > To: sigbmk@yahoogroups.jp > Subject: [sigbmk][00024] 第3回SIG-BMKの御案内（参加募集） > Reply-To: sigbmk@yahoogroups.jp > > 佐藤＠北陸先端大知識です。こんにちは。 > > 第3回SIG-BMKの開催について御案内致します。奮って御参加下さい。 > ＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ > 北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科 > 佐藤賢二　ken@jaist.ac.jp > > −−−−− ここから最後まで > 第 3 回 人工知能学会 生命知識研究会（SIG-BMK）（オープンバイオ研究会と共催） > > http://www.sigbmk.org > > 日時：２００５年３月１１日（金） １４：００より > １２日（土） １４：３０まで（予定） > > 内容：初日は例年通り（昨年までのSIG-MBIと同様）、各種の研究発表です。 > 特にテーマを限りませんので、奮って御応募下さい。それに加えて、オー > プンバイオ研究会からのショートプレゼンテーションコーナー（30分〜 > 1時間程度）も初日に行ないます。 > > 二日目はオープンバイオ研究会主体で、ハンズオンセミナーを実施しま > す。最大20台までのLinuxマシンを用意して、ソフトウェアの実習もで > きる予定です。 > > 初日のショートプレゼンテーションコーナーおよび二日目の詳細につい > ては、オープンバイオ研究会（http://open-bio.jp）で企画中です。 > 問い合わせ先：東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター > ゲノムデータベース分野 片山 俊明 > ktym@hgc.jp > > あと、研究会とは別件ですが、初日の午前中に同じ場所で、知識科学研 > 究科セミナーとして小長谷先生の講演も行なわれています（１０：００〜 > １２：００。タイトルは「生命知識科学：ポストゲノム時代のバイオイ > ンフォマティクス」です）。学外の方でも聴講自由とのことなので、早 > めに到着された方は是非御参加下さい。途中からでも結構です。 > > 場所：北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科講義棟２Ｆ中講義室（初日） > 二日目は知識科学研究科III棟７Ｆのセミナー室を使用します。 > > 大学への道程： > http://www.jaist.ac.jp/~kouhou/General_info/access/access.html > > 小松空港からのバス： > http://www.hokutetsu.co.jp/unko/airport/ku_main.htm > > 宿泊先： 辰口温泉、まつさき旅館（http://www.matsusaki.co.jp） > 923-1245 石川県能美郡辰口町3-1 tel 0761-51-3111 > > 宿泊の申し込みは以下のURLで受け付けています。 > http://www.jaist.ac.jp/~ken/sigbmk/reserve.html > ４０〜５０人程度のキャパシティなので、できるだけ早めに御予約下さい。 > > 初日の発表希望者は、概要を以下の様式で sigbmk-admin@yahoogroups.jp ま > でお送り下さい。 > > 著者(講演者に◯)、所属 > 代表者の連絡先 > 講演タイトル > 講演概要(数行程度) > 希望講演時間(分) > > ★ Subject: には必ず「発表希望」と御書き下さい。★ > > 採択およびプログラム編成は世話人にご一任下さい。 > > 締め切りは、宿泊・講演申し込みともに２月２５日（金）です。 > > 研究会のみ参加(講演宿泊共になし)の場合：無料。参加登録の必要もありません。 > > 問い合わせ先(世話人)： 佐藤賢二 ken@jaist.ac.jp > 北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科 > > ------------------------ Yahoo! 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gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。 とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。 すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ さい。 ちなみに、 % ruby -v ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin] という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。 -- fukui From ktym ＠ hgc.jp Mon Feb 28 00:49:25 2005 From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama) Date: Mon Feb 28 00:44:47 2005 Subject: =?ISO-2022-JP?B?UmU6IFtCaW9SdWJ5LWphXSBHZW5CYW5rGyRCN0E8MCROGyhC?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJVUlISUkJWskckZJJF8kMyRfJD8kJBsoQg==?= In-Reply-To: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> References: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> 福井さん 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、 フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。 エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？ よろしくお願いします。 片山 On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote: > 福井と申します。 > > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と >> アミノ酸配列を取り出してみます。 > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。 > > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の > ファイルを読み込ませてみると、 > > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession': > private > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError) > from ./gb.rb:11 > from ./gb.rb:8:in `each_entry' > from ./gb.rb:8 > > のようなエラーが出ます。 > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。 > > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。 > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ > さい。 > > ちなみに、 > % ruby -v > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin] > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。 > > -- > fukui From tomoaki ＠ nibb.ac.jp Mon Feb 28 01:26:01 2005 From: tomoaki ＠ nibb.ac.jp (Tomoaki NISHIYAMA) Date: Mon Feb 28 01:21:06 2005 Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?B?R2VuQmFuaxskQjdBPDAkTiVVJSElJCVrJHJGSSRfJDMkXyQ/JCQbKEI=?= In-Reply-To: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> References: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> Message-ID: <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> 基生研の西山です。 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。 biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう になるとより良いと思います。 -- Tomoaki Nishiyama e-mail:tomoaki@nibb.ac.jp National Institute for Basic Biology From: Toshiaki Katayama Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900 Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> ktym> 福井さん ktym> ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、 ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、 ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。 ktym> ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？ ktym> ktym> よろしくお願いします。 ktym> ktym> 片山 ktym> ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote: ktym> ktym> > 福井と申します。 ktym> > ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。 ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。 ktym> > ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の ktym> > ファイルを読み込ませてみると、 ktym> > ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession': ktym> > private ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError) ktym> > from ./gb.rb:11 ktym> > from ./gb.rb:8:in `each_entry' ktym> > from ./gb.rb:8 ktym> > ktym> > のようなエラーが出ます。 ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。 ktym> > ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。 ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ ktym> > さい。 ktym> > ktym> > ちなみに、 ktym> > % ruby -v ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin] ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。 ktym> > ktym> > -- ktym> > fukui ktym> From ktym ＠ hgc.jp Mon Feb 28 01:45:26 2005 From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama) Date: Mon Feb 28 01:40:19 2005 Subject: =?ISO-2022-JP?B?UmU6IFtCaW9SdWJ5LWphXSBHZW5CYW5rGyRCN0E8MCROGyhC?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJVUlISUkJWskckZJJF8kMyRfJD8kJBsoQg==?= In-Reply-To: <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> References: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> Message-ID: 西山さん On 2005/02/28, at 15:26, Tomoaki NISHIYAMA wrote: > 基生研の西山です。 > > 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。 > 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。 > > biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう > になるとより良いと思います。 コメントありがとうございます。 巨大なエントリの時にパフォーマンスがどうなるか検証していませんが、 たとえば以下のように Bio::DB::NCBIDB, Bio::DB::EMBLDB の initialize で 与えられたエントリ文字列の前後の空白を strip するというのは いかがでしょうか？ 片山 --- bio/db.rb.orig Sun Jun 20 19:30:06 2004 +++ bio/db.rb Mon Feb 28 15:41:36 2005 @@ -90,7 +90,7 @@ def initialize(entry, tagsize) @tagsize = tagsize - @orig = entry2hash(entry) # Hash of the original entry + @orig = entry2hash(entry.split) # Hash of the original entry @data = {} # Hash of the parsed entry end @@ -130,7 +130,7 @@ def initialize(entry, tagsize) @tagsize = tagsize - @orig = entry2hash(entry) # Hash of the original entry + @orig = entry2hash(entry.strip) # Hash of the original entry @data = {} # Hash of the parsed entry end From fukui.toshifumi ＠ canon.co.jp Mon Feb 28 01:46:42 2005 From: fukui.toshifumi ＠ canon.co.jp (FUKUI Toshifumi) Date: Mon Feb 28 01:41:38 2005 Subject: [BioRuby-ja] =?ISO-2022-JP?B?R2VuQmFuaxskQjdBPDAkTiVVJSEbKEI=?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJSQlayRyRkkkXyQzJF8kPyQkGyhC?= In-Reply-To: <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> References: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> Message-ID: 福井です。 片山さん、西山さん、お世話になります。 例えば、NCBIから取得した、 VERSION NM_178136.1 GI:30089918 というファイルで、そうなります。 ちなみに、Entrezで表示させて、「all to file」を選択して「send」のボタ ンを押しただけの状態なので、僕が加工したファイルというわけでもありませ ん。 余分な空行ということは、改行コードかなぁ、、、。 ちょっと調べてみます。 At Mon, 28 Feb 2005 15:26:01 +0900 (JST), Tomoaki NISHIYAMA wrote: > > 基生研の西山です。 > > 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。 > 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。 > > biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう > になるとより良いと思います。 > > -- > Tomoaki Nishiyama > e-mail:tomoaki@nibb.ac.jp > National Institute for Basic Biology > > > From: Toshiaki Katayama > Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい > Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900 > Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> > > ktym> 福井さん > ktym> > ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、 > ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、 > ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。 > ktym> > ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？ > ktym> > ktym> よろしくお願いします。 > ktym> > ktym> 片山 > ktym> > ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote: > ktym> > ktym> > 福井と申します。 > ktym> > > ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja > ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の > ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と > ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。 > ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。 > ktym> > > ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の > ktym> > ファイルを読み込ませてみると、 > ktym> > > ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession': > ktym> > private > ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError) > ktym> > from ./gb.rb:11 > ktym> > from ./gb.rb:8:in `each_entry' > ktym> > from ./gb.rb:8 > ktym> > > ktym> > のようなエラーが出ます。 > ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。 > ktym> > > ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て > ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。 > ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ > ktym> > さい。 > ktym> > > ktym> > ちなみに、 > ktym> > % ruby -v > ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin] > ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。 > ktym> > > ktym> > -- > ktym> > fukui > ktym> From fukui.toshifumi ＠ canon.co.jp Mon Feb 28 01:57:19 2005 From: fukui.toshifumi ＠ canon.co.jp (FUKUI Toshifumi) Date: Mon Feb 28 01:52:12 2005 Subject: [BioRuby-ja] =?ISO-2022-JP?B?R2VuQmFuaxskQjdBPDAkTiVVJSEbKEI=?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJSQlayRyRkkkXyQzJF8kPyQkGyhC?= In-Reply-To: References: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> Message-ID: 福井です。 デリミタ//の後の空行が原因だったようですね。 一応表示された後でエラーが出ているのは、空行を次のエントリとして処理し ようとしていた、ということですね。 # ああ、こうやって分かってみると、ちょっと考えれば分かるじゃん、、、 # ってことだった。 すみません、お騒がせしました。 これで解決しました。ありがとうございました。 At Mon, 28 Feb 2005 15:46:42 +0900, fukui wrote: > > 福井です。 > > 片山さん、西山さん、お世話になります。 > > 例えば、NCBIから取得した、 > VERSION NM_178136.1 GI:30089918 > というファイルで、そうなります。 > ちなみに、Entrezで表示させて、「all to file」を選択して「send」のボタ > ンを押しただけの状態なので、僕が加工したファイルというわけでもありませ > ん。 > > 余分な空行ということは、改行コードかなぁ、、、。 > ちょっと調べてみます。 > > At Mon, 28 Feb 2005 15:26:01 +0900 (JST), > Tomoaki NISHIYAMA wrote: > > > > 基生研の西山です。 > > > > 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。 > > 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。 > > > > biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう > > になるとより良いと思います。 > > > > -- > > Tomoaki Nishiyama > > e-mail:tomoaki@nibb.ac.jp > > National Institute for Basic Biology > > > > > > From: Toshiaki Katayama > > Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい > > Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900 > > Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> > > > > ktym> 福井さん > > ktym> > > ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、 > > ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、 > > ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。 > > ktym> > > ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？ > > ktym> > > ktym> よろしくお願いします。 > > ktym> > > ktym> 片山 > > ktym> > > ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote: > > ktym> > > ktym> > 福井と申します。 > > ktym> > > > ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja > > ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の > > ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と > > ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。 > > ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。 > > ktym> > > > ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の > > ktym> > ファイルを読み込ませてみると、 > > ktym> > > > ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession': > > ktym> > private > > ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError) > > ktym> > from ./gb.rb:11 > > ktym> > from ./gb.rb:8:in `each_entry' > > ktym> > from ./gb.rb:8 > > ktym> > > > ktym> > のようなエラーが出ます。 > > ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。 > > ktym> > > > ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て > > ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。 > > ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ > > ktym> > さい。 > > ktym> > > > ktym> > ちなみに、 > > ktym> > % ruby -v > > ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin] > > ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。 > > ktym> > > > ktym> > -- > > ktym> > fukui > > ktym> From ktym ＠ hgc.jp Mon Feb 28 01:58:46 2005 From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama) Date: Mon Feb 28 01:53:45 2005 Subject: =?ISO-2022-JP?B?UmU6IFtCaW9SdWJ5LWphXSBHZW5CYW5rGyRCN0E8MCROGyhC?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJVUlISUkJWskckZJJF8kMyRfJD8kJBsoQg==?= In-Reply-To: References: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> Message-ID: 福井さん NM_ だと RefSeq エントリですね。 % biofetch.rb refseq NM_178136 > NM_178136.rs % ruby gb.rb NM_178136.rs で、手元の環境では問題無く動きました。 しかし、このファイルの末尾に空行を付け加えてみるとエラーが 再現できました。 対処方法は先ほどのパッチでいいのかなぁ、、 // が来たら処理をやめるようにした方がよさげかもしれません。 片山 On 2005/02/28, at 15:46, FUKUI Toshifumi wrote: > 福井です。 > > 片山さん、西山さん、お世話になります。 > > 例えば、NCBIから取得した、 > VERSION NM_178136.1 GI:30089918 > というファイルで、そうなります。 > ちなみに、Entrezで表示させて、「all to file」を選択して「send」のボタ > ンを押しただけの状態なので、僕が加工したファイルというわけでもありませ > ん。 > > 余分な空行ということは、改行コードかなぁ、、、。 > ちょっと調べてみます。 > > At Mon, 28 Feb 2005 15:26:01 +0900 (JST), > Tomoaki NISHIYAMA wrote: >> >> 基生研の西山です。 >> >> 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。 >> 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。 >> >> biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう >> になるとより良いと思います。 >> >> -- >> Tomoaki Nishiyama >> e-mail:tomoaki@nibb.ac.jp >> National Institute for Basic Biology >> >> >> From: Toshiaki Katayama >> Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい >> Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900 >> Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> >> >> ktym> 福井さん >> ktym> >> ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、 >> ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、 >> ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。 >> ktym> >> ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？ >> ktym> >> ktym> よろしくお願いします。 >> ktym> >> ktym> 片山 >> ktym> >> ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote: >> ktym> >> ktym> > 福井と申します。 >> ktym> > >> ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja >> ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の >> ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と >> ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。 >> ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。 >> ktym> > >> ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の >> ktym> > ファイルを読み込ませてみると、 >> ktym> > >> ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in >> `accession': >> ktym> > private >> ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError) >> ktym> > from ./gb.rb:11 >> ktym> > from ./gb.rb:8:in `each_entry' >> ktym> > from ./gb.rb:8 >> ktym> > >> ktym> > のようなエラーが出ます。 >> ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。 >> ktym> > >> ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て >> ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。 >> ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ >> ktym> > さい。 >> ktym> > >> ktym> > ちなみに、 >> ktym> > % ruby -v >> ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin] >> ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。 >> ktym> > >> ktym> > -- >> ktym> > fukui >> ktym> From ktym ＠ hgc.jp Mon Feb 28 02:26:05 2005 From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama) Date: Mon Feb 28 02:22:29 2005 Subject: =?ISO-2022-JP?B?UmU6IFtCaW9SdWJ5LWphXSBHZW5CYW5rGyRCN0E8MCROGyhC?= =?ISO-2022-JP?B?GyRCJVUlISUkJWskckZJJF8kMyRfJD8kJBsoQg==?= In-Reply-To: References: <42229F9A.9000306@canon.co.jp> <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> <20050228.152601.115938866.tomoaki@nibb.ac.jp> Message-ID: <8d100bef499e87002ca5267466aeda6a@hgc.jp> 福井さん 入れ違いになってしまいましたが、解決して良かったです。 先ほどの私のコメントはちょっと勘違いしていました。 直接には GenBank クラスの問題ではなく、福井さんの仰る通り、 gb.rb の FlatFile クラスが空行を次のエントリとして 処理しようとしているから、ということですね。 対処するとすれば flatfile.rb でデリミタの次のエントリが 空っぽだったらスキップする（or each_entry を抜ける?） といった処理を入れることになるでしょうか。 片山 On 2005/02/28, at 15:57, FUKUI Toshifumi wrote: > 福井です。 > > デリミタ//の後の空行が原因だったようですね。 > > 一応表示された後でエラーが出ているのは、空行を次のエントリとして処理し > ようとしていた、ということですね。 > # ああ、こうやって分かってみると、ちょっと考えれば分かるじゃん、、、 > # ってことだった。 > > すみません、お騒がせしました。 > > これで解決しました。ありがとうございました。 > > > At Mon, 28 Feb 2005 15:46:42 +0900, > fukui wrote: >> >> 福井です。 >> >> 片山さん、西山さん、お世話になります。 >> >> 例えば、NCBIから取得した、 >> VERSION NM_178136.1 GI:30089918 >> というファイルで、そうなります。 >> ちなみに、Entrezで表示させて、「all to file」を選択して「send」のボタ >> ンを押しただけの状態なので、僕が加工したファイルというわけでもありませ >> ん。 >> >> 余分な空行ということは、改行コードかなぁ、、、。 >> ちょっと調べてみます。 >> >> At Mon, 28 Feb 2005 15:26:01 +0900 (JST), >> Tomoaki NISHIYAMA wrote: >>> >>> 基生研の西山です。 >>> >>> 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。 >>> 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。 >>> >>> biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう >>> になるとより良いと思います。 >>> >>> -- >>> Tomoaki Nishiyama >>> e-mail:tomoaki@nibb.ac.jp >>> National Institute for Basic Biology >>> >>> >>> From: Toshiaki Katayama >>> Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい >>> Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900 >>> Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8@hgc.jp> >>> >>> ktym> 福井さん >>> ktym> >>> ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、 >>> ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、 >>> ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。 >>> ktym> >>> ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？ >>> ktym> >>> ktym> よろしくお願いします。 >>> ktym> >>> ktym> 片山 >>> ktym> >>> ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote: >>> ktym> >>> ktym> > 福井と申します。 >>> ktym> > >>> ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja >>> ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の >>> ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と >>> ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。 >>> ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。 >>> ktym> > >>> ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の >>> ktym> > ファイルを読み込ませてみると、 >>> ktym> > >>> ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in >>> `accession': >>> ktym> > private >>> ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError) >>> ktym> > from ./gb.rb:11 >>> ktym> > from ./gb.rb:8:in `each_entry' >>> ktym> > from ./gb.rb:8 >>> ktym> > >>> ktym> > のようなエラーが出ます。 >>> ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。 >>> ktym> > >>> ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb >>> を見て >>> ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。 >>> ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ >>> ktym> > さい。 >>> ktym> > >>> ktym> > ちなみに、 >>> ktym> > % ruby -v >>> ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin] >>> ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。 >>> ktym> > >>> ktym> > -- >>> ktym> > fukui >>> ktym>