From hirata-yuichi ＠ aist.go.jp Thu Nov 18 02:44:30 2004 From: hirata-yuichi ＠ aist.go.jp (Yuichi Hirata) Date: Thu Nov 18 02:42:23 2004 Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?GyRCJE8kOCRhJF4kNyRGGyhC?= Message-ID: はじめまして、産総研　グリッド研究センターの 平田と申します。 PDBに登録されているタンパク質の座標データをWebサービス を用いて呼び出したいのですが、どなたかやり方を ご存知でしたら教えて下さい。 平田　雄一 Yuichi Hirata 産業技術総合研究所　グリッド研究センター　特別研究員 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST) Grid Technology Research Center (GTRC), Researcher Umezono, Tsukuba, Ibaraki 305-8568 Japan TEL: +81-29-861-5080 (extension 55521) FAX: +81-29-862-6601 E-mail: hirata-yuichi@aist.go.jp From ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp Sun Nov 21 23:03:50 2004 From: ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp (GOTO Naohisa) Date: Sun Nov 21 23:01:56 2004 Subject: [BioRuby-ja] PDB (Re: =?iso-2022-jp?b?GyRCJE8kOCRhJF4kNyRGGyhCKQ==?= In-Reply-To: References: Message-ID: <200411220401.iAM41dKs031537@portal.open-bio.org> こんにちは。 > PDBに登録されているタンパク質の座標データをWebサービス > を用いて呼び出したいのですが、どなたかやり方を > ご存知でしたら教えて下さい。 GenomeNetの提供するウェブサービス KEGG API を使えば取得できます。 (KEGG API 自体については http://www.genome.jp/kegg/soap/ 参照) BioRubyでは require 'bio' api = Bio::KEGG::API.new pdbtxt = api.bget('pdb:155C') のようにすると、PDB形式のテキストデータとして取得できます。 (PDB形式についての詳細な仕様は http://www.rcsb.org/pdb/docs/format/pdbguide2.2/guide2.2_frame.html を参照してください。) BioRubyでさらに処理をしたいなら、 pdb = Bio::PDB.new(pdbtxt) として、Bio::PDBオブジェクトを作成してください。その後、たとえば、 pdb.each_atom do |a| p a.xyz.inspect end みたいな感じにすると、原子の座標がRubyのVectorオブジェクトとして 取得できます。これはほんの一例であり、やりたいことに応じて処理の 内容や使うべきメソッドは変わってきます。 あるいは、別の方法もあります。 PDBj ( http://www.pdbj.org/ ) が提供している、PDBのXMLフォーマットを 取得・検索するサービス xPSSS ( http://www.pdbj.org/xpsss/ )では、 SOAPによるウェブサービスも提供しているので、これを利用する手もあります。 ただし、私が試してみたところ、ここで提供されているWSDLをRubyで読むと エラーになってしまいました。"Example Page" で提供されているJavaやPerlの サンプルのようにWSDLを使わずにアクセスすれば大丈夫なのかもしれませんが、 試していません。 あるいは、さらに別の方法もあります。 同じくPDBjの提供している別のサービスでは、PDBjMLという形式のXMLデータを ウェブサービス(SOAP)経由で取得できます。 http://pdbj.protein.osaka-u.ac.jp/SOAP/ ここに置いてあるWSDLは、Rubyでも使用できました。 (ただし、一部のSOAP methodは、Rubyではデータの型の問題?でエラーになって しまいました。単なるデータの取得だけなら問題なく使えます。) たとえば、PDBのエントリ 155C をPDBjML形式で取得するには、 require 'soap/wsdlDriver' wsdl = 'http://pdbj.protein.osaka-u.ac.jp/SOAP/PDBjSoapService.wsdl' driver = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_driver print driver.getXMLString('155C') ただし、PDBjML形式は、PDBの公式なXMLであるpdbMLが決定する以前に PDBjが独自に策定したフォーマットであり、今後は徐々にフェードアウト してゆく運命にあるようです。しばらくはデータの更新も続くようですが、 今から新たに使い始めるのはやめたほうがよいと思います。 -- 後藤 直久 ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp 大阪大学 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野 (安永研究室) (理学研究科 生物科学専攻 D3) From ktym ＠ hgc.jp Mon Nov 29 01:06:28 2004 From: ktym ＠ hgc.jp (Toshiaki Katayama) Date: Mon Nov 29 01:04:08 2004 Subject: [BioRuby-ja] =?iso-2022-jp?b?GyRCJSohPCVXJXMlUCUkJSobKEJCT0ZA?= =?iso-2022-jp?b?R0lXMjAwNCAbJEIkTiQqQ04kaSQ7GyhC?= Message-ID: 皆様、 GIW にて、添付のようなミーティング「オープンバイオ BOF」を 開催したいと思います。ふるってご参加、ご発表お願いします。 もともと BioRuby のミーティングの予定でしたが、せっかくなので 広くコミュニティ全体での交流ができたらということで企画しました。 イメージとしては、ISMB (http://www.iscb.org/ismb2004/) と 併催されている BOSC (http://www.open-bio.org/bosc2004/) の 日本版みたいなものになればいいなと思っています。 もしくは、infobiologist の企画で2003年に行なわれた第２回研究会に 参加された方はそちらをイメージして頂いても良いかもしれません。 今回は、会場の都合等でこじんまりとしたものになると思いますが。 よろしくお願いします。 片山 俊明 -- 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター ゲノムデータベース分野 助手 〒108-0071 東京都港区白金台 4-6-1 03-5449-5614 (fax:5434) ＊＊＊ オープンバイオ BOF ＠ GIW2004 ＊＊＊ 来たる 2004/12/13-15 にパシフィコ横浜で開催される GIW2004 にて オープンバイオの BoF を開催します。BoF (Birds-Of-A-Feather) とは、 特定のトピックに興味のある人たちで行なう小規模のミーティングです。 この「オープンバイオ BoF（仮）」では、オープンソースで開発されて いるバイオインフォマティクス用のソフトウェアをテーマに、ユーザと 開発者が一緒になって情報交換をするための場を作りたいと思います。 BioRuby や KNOB, JAMBO をはじめとする国内のプロジェクトの紹介や、 国内に限らず BioPerl や BioConductor など様々なプロジェクトの ユーザによる紹介などを通じ、バイオインフォマティクスで利用できる オープンソフトウェアにどのようなものがあるか情報交換します。 また、今後もこのような交流会を開くための打ち合わせを兼ねて、 パネルディスカッションを開催したいと思います。 GIW2004 http://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2004/ BoF CFP http://giw.ims.u-tokyo.ac.jp/giw2004/bofs.html BioRuby http://www.bioruby.org/ KNOB http://knob.sourceforge.jp/ JAMBO http://jambo.sourceforge.jp/ BioPerl http://www.bioperl.org/ BioConductor http://www.bioconductor.org/ 日時：2004年12月13日 16:00-18:00 場所：パシフィコ横浜３階 315 号室 参加：無料（GIW には別途参加して頂く必要があると思います：） 言語：日本語 GIW 自体は英語で行なわれる国際会議ですが、日本国内での オープンバイオ推進という趣旨から BoF は日本語で行ないます。 連絡先：bof2004@bioruby.org 担当者：中尾＠BioRuby、二階堂＠KNOB、片山＠BioRuby 事前登録制ではありませんが、部屋の定員が20名とのことなので、 満席の場合は、早く来られた方を優先したいと思います。 ----- プログラム ----- 1. はじめに 開催の趣旨など。 2. プロジェクト紹介 * BioRuby (KEGG API, DAS) * KNOB (Knoppix for Bio) : 演題募集中 → mailto: bof2004@bioruby.org 3. パネルディスカッション テーマ：日本でのオープンバイオの推進にむけて 海外ではオープンバイオの成果が広く使われており、すでに大きな コミュニティが形成されているが、日本ではそれらのリソースが 有効に利用されていないだけでなく、開発に関わっている人も少ない。 まずは、ユーザ同士の情報交換を含めた定期的な交流をはかり、 利用者と開発者双方のコミュニティを拡大したい。将来的には、 取り組みの遅れを取り返し、国内での普及に貢献し、国際的にも フィードバックできるような人材が増えることを期待したい。 そのために、まずは定期的に交流を図るための研究会を開催できる ようにしたい。 トピック： * オープンバイオの世界と日本における状況 * 普及に向けてできること（情報交換、チュートリアル？） * コマーシャルにおけるオープンバイオ * 定期的な「オープンバイオ研究会（仮）」開催のプラン 4. 懇親会 人数が集まれば近くで懇親会を兼ねた飲み会を開きたいと思います。