seq1 = gypa.fasta, 2660 bp seq2 = ref_chr5.fa (gi|109156895|ref|NC_007862.1|NC_007862), 182086969 bp >gi|188595721|ref|NM_002099.4| Homo sapiens glycophorin A (MNS blood group) (GYPA), mRNA >gi|109156895|ref|NC_007862.1|NC_007862 Macaca mulatta chromosome 5, reference assembly (based on Mmul_051212), whole genome shotgun sequence (complement) 1-153 (45773824-45773976) 97% == 394-473 (45795689-45795768) 95% -> 474-553 (45797842-45797920) 91% -> 554-2660 (45807924-45810033) 94% 0 . : . : . : . : . : 1 GCAGGAAGGTGGGCCTGGAAGATAACAGCTAGCAGGCTAAGGTCAGACAC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 45773824 GCAGGAAGGTGGGCCTGGAAGATAACAGCTAGCAGGCTAAGGCCAGACAC 50 . : . : . : . : . : 51 TGACACTTGCAGTTGTCTTTGGTAGTTTTTTTGCACTAACTTCAGGAACC |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || 45773874 TGACACTTGCAGTTGTCTTTGGTAGTTTTTGTGCACTAACTTTAGGAGCC 100 . : . : . : . : . : 101 AGCTCATGATCTCAGGATGTATGGAAAAATAATCTTTGTATTACTATTGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45773924 AGCTCATGATCTCAGGATGTATGGAAAAATAATCTTTGTATTACTATTGT 150 151 CAG ||| 45773974 CAG 0 . : . : . : . : . : 394 CACTCATTATTTTTGGGGTGATGGCTGGTGTTATTGGAACGATCCTCTTA ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 45795689 CACTCATTATTTTTGGGGTGATGGCTGGTGTCATTGGAACGATCCTCTTT 50 . : . : . : . : . : 444 ATTTCTTACGGTATTCGCCGACTGATAAAG AAAAGCCCATC ||||||||| ||||||||||||||| ||||>>>...>>>||||||| ||| 45795739 ATTTCTTACTGTATTCGCCGACTGAGAAAGGTG...TAGAAAAGCCAATC 100 . : . : . : . : . : 485 TGATGTAAAACCTCTCCCCTCACCTGACACAGACGTGCCTTTAAGTTCTG ||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||| 45797853 TGATGTACAACCTCTCCCCCCACCTGACGCAGAGGTGCCTTTAAGCTCTG 150 . : . : . : . : . : 535 TTGAAATAGAAAATCCAGA GACAAGTGATCAATGAGAATCT ||||||||||||||||||->>>...>>>||-|| |||||||| -|||||| 45797903 TTGAAATAGAAAATCCAG GTT...GAGGA AACTGATCAATC GAATCT 200 . : . : . : . : . : 576 GTTCACCAAACCAAATGTGGAAAGAACACAAAGAAGACATAAGACTTCAG ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| 45807944 GTTCACCAAACCAAATGAGGAAAGAACATAAAGAAGACATAAGACTTCAG 250 . : . : . : . : . : 626 TCAAGTGAAAAATTAACATGTGGACTGGACACTCCAATAAATTATATACC |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 45807994 TCAAGTGAAAAATTAACATGTGGATTGGACACTCCAATAAATTATATACC 300 . : . : . : . : . : 676 TGCCTAAGTTGTACAATTTCAGAATGCAATTTTCATTATAATGAGTTCCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45808044 TGCCTAAGTTGTACAATTTCAGAATGCAATTTTCATTATAATGAGTTCCA 350 . : . : . : . : . : 726 GTGACTCAATGATGGGGAAAAAAATCTCTGCTCATTAATATTTCAAGATA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || 45808094 ATGACTCAATGATGGGGAAAAAAATCTCTGCTCATTAATATTTCAAGGTA 400 . : . : . : . : . : 776 AAGAACAAATGTTTCCTTGAATGCTTGCTTTTGTGTGTTAGCATAATTTT ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| 45808144 AAGAACAAATGTTCCTTTGAACGCTTGCTTTTGTGTGTTAGTATAATTTT 450 . : . : . : . : . : 826 TAGAATTGTTTGAGAATTCTGATCCAAAACTTTAGTTGAATTCATCTACG |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 45808194 TAGAATTGATTGAGAATTCTGTTCCAAAACTTTAGTTGAATTCATCTACA 500 . : . : . : . : . : 876 TTTGTTTAATATTAACTTAACCTATTCTATTGTATTATAATGATGATTCT ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| 45808244 TTTGTTTAATACTAACTTAATCTATTCTCTTGTATTATAATGATGGTTCT 550 . : . : . : . : . : 926 GTCAAATGAAAGGCTTGAAATACCTAGATGAAGTTTAGATTTTCTTCCTA ||||||||||||| -||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 45808294 GTCAAATGAAAGGG TGAAATACCTAGATGAAGTTTAGGTTTTCTTCCTA 600 . : . : . : . : . : 976 TTGTAAACTTTTGAGTCTGGTTTCATTGTTTTAAATAAATTAAGGGGACA |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45808343 TTGTAAACTTTTGAATCTGGTTTCATTGTTTTAAATAAATTAAGGGGACA 650 . : . : . : . : . : 1026 CTAAAGTCCTATCATTCATTTCCTTCATTGCTGAACAGGCAAGATATAAT ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| 45808393 CTAAAGTCCTATCATTCATTTGCTTCATTGCTGAACAGGTAAGATATAAT 700 . : . : . : . : . : 1076 ATTACATGAATGATTACTATATTTTGTTCACACTAATAAAGCTTATGCTC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 45808443 ATTACATGAATGATTACTATATTTTGTTCACACTAATAAAGCTTGTGCTC 750 . : . : . : . : . : 1126 AGAAATGCCATACACACACACA CACAC ACACACAAACACACACATT ||||||||||||||||||||||--|||||-- |||||||||||||||||| 45808493 AGAAATGCCATACACACACACATACACACCTGCACACAAACACACACATT 800 . : . : . : . : . : 1172 TATCATTTAATGCATAAATCAACACAAAAGGTTTTCCCATTAATATGAAA -||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 45808543 ATCATTTAATGCATAAATCAATGCAAAAGGTTTTCCCATTAATATGAAA 850 . : . : . : . : . : 1222 TATTACATATATATAAGTGCCATATTTAAAATAATTTGTCTAACAGTAGA | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| 45808592 TGTTACATATATATAAATGCCATATTTAAAATAATTTGTCTAACAGTAGA 900 . : . : . : . : . : 1272 ACTGTGTCGGAGCACTCACTGAAGCTTGCATTCCACTGAAAGAGTTATTT ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45808642 ACTTTGTCAGAGCACTCACTGAAGCTTGCATTCCACTGAAAGAGTTATTT 950 . : . : . : . : . : 1322 GTGTAAGTAGAGTATCCGGAGAAGGAAAAGAACTTACGACCTTTCTTTAT ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 45808692 GTGTAAGTAGAGTATCCTGAGAAGGAAAAGAACTTACGACCTTTCTTTAT 1000 . : . : . : . : . : 1372 AACAGAAACTCAACTCTAAATTCAACAAGATGTGCAAACCGGACATGCAG ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| 45808742 AACAGAAACTCAACTCTAAATTCAATAAGATGTGCAAACTGGACATGCAG 1050 . : . : . : . : . : 1422 GTGAATATTTTAATAGGTTACTATAAGGTTCTCAATTAAATTCTTTAATC ||||||||||||||||||||||||| -||||||||||||||||||||||| 45808792 GTGAATATTTTAATAGGTTACTATAT GTTCTCAATTAAATTCTTTAATC 1100 . : . : . : . : . : 1472 TGTCCAGTCCCAGTTTCTCTTATTAATAAAACTTTGGAAATTGCTTTAAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 45808841 TGTCCAGTCCCAGTTTCTCTTATTAATAAAACTTTGGAAATTTCTTTAAA 1150 . : . : . : . : . : 1522 CCATTTAAAGGAAATTTCTAGATATAGAAACTAAGGACTGTGACTATACA ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 45808891 CCATTTACAGGAAATTTCTAGATATAGAGACTAAGGACTGTGACTATACA 1200 . : . : . : . : . : 1572 GCTGTCACTC A TTTGTAGTAAAACTTAAAAAGCAAAAACAAAAAACA ||||||||||--|- ||-|||| ||||||||| ||||||||||||||||| 45808941 GCTGTCACTCTTAAGTT TAGTGAAACTTAAACAGCAAAAACAAAAAACA 1250 . : . : . : . : . : 1619 AAAAAGACCTTCCTGTGATACTTTATTTCCGAACTAATAAAAATCTATAT |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 45808990 AAAAAGACCTTCCTGTGATACTTTATTTCCAAACTAATAAAAATCTATAT 1300 . : . : . : . : . : 1669 GACTTTTTATTATTGTGTGATAACCAAGTAAATGTTTTCTATTTTGCATA ||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||| ||||||| ||| 45809040 GACTTTTTATTGTTGTGTGATAACAAAGTAAGTTTTTTGTATTTTGTATA 1350 . : . : . : . : . : 1719 TTTTCAGGCATGGTAACAGAAATTTACCTTTTAATAAATTAAAAAATCTA |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| 45809090 CTTTCAGGCCTGGCAACTGAAATTTACCTTTTAATAAATTTAAAAATCTA 1400 . : . : . : . : . : 1769 AATTTTAACCTACTTGTATGTTCGGAGAGTGTTTTTGTACTATATTGACT |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || | ||||| 45809140 AATTTTAACCTACTTGTATGCTCAGAGAGTGTTTTTGTATTAAAGTGACT 1450 . : . : . : . : . : 1819 ACTTAAAATAGAGAATGAGACTAAGAAGGGAACATTTCTGTTGATACATG |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| 45809190 ACTTAAAATAAAGAACAAGACTAAGAAGGGAACATTTCTGTTTATACATG 1500 . : . : . : . : . : 1869 TTTTTTAAAAGTAATTTTAAGAGCATTATTAGGTTAA TTAATCCAATTA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||| 45809240 TGTTTTAAAAGTAATTTTAAGAGCATTATTAGGTTAATTTAATCCAATTA 1550 . : . : . : . : . : 1918 ATGACCCAAATGCCAAGGTAATTTTAAATTTACATTTTTAATAAAAGCAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45809290 ATGACCCAAATGCCAAGGTAATTTTAAATTTACATTTTTAATAAAAGCAA 1600 . : . : . : . : . : 1968 CATGTTGAAACAAGAGAGGGTGAGATTAACCTTTTTGCTAAAGTAATTTA ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| 45809340 CATGTTGAAACAAGAGAGGGTGAGATTAACCTTTTCGCTCAAGTAATTTA 1650 . : . : . : . : . : 2018 CAAGTCAAAGACAGGAAGAGATCAGAGTGAATGTGCCTTCTTAACCAGAG ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 45809390 CAAGTCAAAGACAAGAAGAGATCAGAGTGAATGTGCCATCTTAACCAGAG 1700 . : . : . : . : . : 2068 CTACAGAATTTAGTGAATAATTAAAGTACAAACTGCTTTGACCTCCTTGA |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| 45809440 CTACAGAATTTAGTGAATAATTAAAGTACAAATTGCTTTAACCTCCTTGA 1750 . : . : . : . : . : 2118 ACTTTTCCAAGCAATTTCTCTGTACTTCTATATATGAATGTCTTAGCCAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || 45809490 ACTTTTCCAAGCAATTTCTCTGTACTTCTATATATGAATGTCTTCGTTAA 1800 . : . : . : . : . : 2168 TTTTCTGCTACTATAACAGAATACGACAGACTGGGTAATTTAAAAAGAAA |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| -|||||| 45809540 TTTTCTGCTACTATAACAGAATACCACAGACTGGGTAATTTAG AAGAAA 1850 . : . : . : . : . : 2218 AGAAATTTATTTTCTTCCTAGTTCTGGAGGCTGGGAAGGCGAAGGGCATG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 45809589 AGAAATTTATTTTCTTCCTAGTTCTGGAGGCTGGGAAGGCCAAGGGCATG 1900 . : . : . : . : . : 2268 GCACTGACATCTGCCTTGTAACTGATGAGAACCTTCTTACTGCATGATAA ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| 45809639 GCATTGACATCTGCCTTGTATCTGATGAGGACCTTCTTACTGCATGATAA 1950 . : . : . : . : . : 2318 CAAAGCAGCAAGGCAAGCAAAAGCGTAAGATGAAGAGAGAGGAAATGAAG |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || 45809689 CAAAGCAGAAAGGCAAGCAAAAGTGTAAGATGAAGAGAGAGGAAACAAAA 2000 . : . : . : . : . : 2368 CCAAACACATCCTTTCATCAGAAGCCCATTCCCTCTATAAGGCGTTATTA ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 45809739 CCAAACATATCCTTTCATCAGAAGCCCATTCCCTCTATAAGGCATTATTC 2050 . : . : . : . : . : 2418 CATTTATGAGAATGGAGTCCTCATGACCTAATCGTGACCTTAAAGGCCCC ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| 45809789 CATTTATGAGAATGGAGCCCTCATGACCTAATCATGACCTTAAAGGCCCC 2100 . : . : . : . : . : 2468 TCCCAACACTGTTACAATGGCAATTAAATTTCAACAAAGGTTCCAGAGGT ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| | 45809839 TCCCAACACTGTTACAATGGCAATTAAATCTCAACAACGTTTCCAGAGAT 2150 . : . : . : . : . : 2518 GACATTCGAATC AGCAATGAAATTTTCATAGTTAAATTTGGTATTCGT ||||||||||||--||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| 45809889 GACATTCGAATCATAGCAATGAATTTTTCATAGTTATATTTGGTATTCGT 2200 . : . : . : . : . : 2566 GGGGGAAGAAATGACCATTTCCCTTGTATTTTTATAATTAAATCAGCAAA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45809939 GAGGGAAGAAATGACCATTTCCCTTGTATTTTTATAATTAAATCAGCAAA 2250 . : . : . : . : . 2616 ATATTGTAATAAAGAAATCTTTCCTGTGAAGATACCATGACCCCA |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 45809989 ATATTGTAGTAAAGAAATCTTTCCTGTGAAGATACCATGACCCCA