Command line: [exonerate -q test_aa.fa -t test_cds.fa --model protein2dna]
Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk]
C4 Alignment display:
  Model: protein2dna
  Raw score: 1059
  Aligned positions 0->204 of query
  Aligned positions 2->614 of target

Query: SJCHGC00851 AA
Target: SJCHGC00851 CDS

   1 : ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG :  22
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG
   3 : CGTGCCCCTCGTCCTTCTTTGCTCTACTTCAACGTGTTTCTTTTGTTGGTTCATTCATTTTCAC :  66

  23 : lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe :  43
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe
  67 : AAGATAAAAAGGATGTGTTGAAGAAGTTAAACTCTACTTTACTTTCAATGGAAAACAGCTTATT : 129

  44 : uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn :  64
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn
 130 : AAAAGTTCAACAAAACATTCAAAACACTGACCACGAAGTAAAGAATTCGACAAAGAGAATAAAT : 192

  65 : LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL :  86
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL
 193 : AAAGTACTTGCACCTCACGGAAGAACAATTGACGAATATGTCAAATGCAAAACTAATGAATTTA : 258

  87 : ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr : 107
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr
 259 : AAGCTGAAGAAGGTTTATCTACAAATACTAAATTCTTAAAAGAGTTTATTCCTGGAACTTTTCG : 321

 108 : gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys : 128
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys
 322 : TGTTTATAGAAAATACCTGACTGATGAAGATATACATTGGAAAAACGCCGCTGAAGAACGGAAG : 384

 129 : AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP : 150
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP
 385 : GCAAAATATAAAACAATGGCCTTAGAGCACACTTCGGAAAAGTGTGATGAACTTGCTGATCAAT : 450

 151 : heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl : 171
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl
 451 : TTCCTGAAGCGTTTGTAGAAATTCAAGAACTTAAGGATCAAATATATGAACGACAAAGATACGA : 513

 172 : uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln : 192
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln
 514 : ATTACAATATGATTATATGTTTTATAAGTTTTTCGTGCTATTAGATATTTATAGAAAAGTGCAA : 576

 193 : AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln*** : 204
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln***
 577 : GCATTTGATGAAACACGTGAAGAACATGAGCAGTGA : 614

vulgar: SJCHGC00851 0 204 . SJCHGC00851 2 614 + 1059 M 204 612
-- completed exonerate analysis