Command line: [exonerate -q exonerate_cdna.fa -t exonerate_genomic.fa --model est2genome --bestn 1] Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk] C4 Alignment display: Model: est2genome Raw score: 6137 Aligned positions 3->1279 of query Aligned positions 28->3074 of target Query: MUSSPSYN Mouse spermidine synthase mRNA, complete cds. Target: 4.143962167-143965267 Slice, no description 4 : GTTGTGCT-GGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC : 64 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 29 : GTTGTGCTGGGGGGGGTCCGCGCGCCCTGCAGTCCCGAACCCGCTACGCGCTCCGTCGGCCC : 90 65 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT : 126 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 91 : GCCCGCCCGCCATGGAGCCTGGCCCCGACGGCCCAGCCGCGCCCGGCCCCGCCGCCATCCGT : 152 127 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA : 188 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 153 : GAGGGCTGGTTCCGAGAGACCTGCAGCCTGTGGCCCGGCCAGGCCCTGTCGCTGCAAGTGGA : 214 189 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAG >>>> T : 243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++ 215 : GCAGCTGCTTCACCACCGGCGATCGCGGTACCAAGACATCCTCGTCTTCCGCAGgt...... : 271 244 : arget Intron 1 >>>> TAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC : 283 257 bp ++||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 272 : ...................agTAAAACCTACGGCAACGTGCTGGTTCTGGATGGCGTCATCC : 566 284 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC : 345 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 567 : AGTGTACTGAGAGGGATGAGTTCTCCTACCAGGAGATGATCGCCAACCTGCCGCTCTGCAGC : 628 346 : CACCCCAACCCGCGGAAG >>>> Target Intron 2 >>>> GTGCTGATCATCGGG : 378 ||||||||||||||||||++ 317 bp ++||||||||||||||| 629 : CACCCCAACCCGCGGAAGgt.........................agGTGCTGATCATCGGG : 978 379 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA : 440 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 979 : GGTGGAGATGGGGGCGTCCTACGGGAAGTGGTGAAGCACCCCTCTGTGGAGTCGGTGGTCCA : 1040 441 : GTGCGAGATTGATGAG >>>> Target Intron 3 >>>> GATGTCATTGAAGTCTC : 473 ||||||||||||||||++ 713 bp ++||||||||||||||||| 1041 : GTGCGAGATTGATGAGgt.........................agGATGTCATTGAAGTCTC : 1786 474 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG : 535 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1787 : TAAGAAGTTCCTGCCTGGCATGGCCGTTGGCTTCTCCAGCTCAAAGCTGACTCTCCACGTGG : 1848 536 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC : 597 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1849 : GCGATGGCTTTGAGTTCATGAAACAGAACCAAGATGCCTTTGACGTCATCATCACCGACTCC : 1910 598 : TCAGACCCCATGG >>>> Target Intron 4 >>>> GCCCTGCTGAGAGCCTCTTC : 630 |||||||||||||++ 326 bp ++|||||||||||||||||||| 1911 : TCAGACCCCATGGgt.........................agGCCCTGCTGAGAGCCTCTTC : 2269 631 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA : 692 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2270 : AAGGAGTCCTATTACCAGCTCATGAAGACAGCACTCAAAGAAGATGGCATCCTGTGCTGCCA : 2331 693 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC : 754 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2332 : GGGTGAGTGCCAGTGGCTGCACCTGGACCTCATCAAGGAGATGAGGCACTTCTGCAAATCTC : 2393 755 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC : 816 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2394 : TCTTCCCCGTGGTGGACTACGCCTACTGTAGCATTCCTACCTATCCCAGCGGCCAGATCGGC : 2455 817 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCG >>>> Target Intron 5 >>>> AGCACCAAC : 849 ||||||||||||||||||||||||++ 85 bp ++||||||||| 2456 : TTCATGCTGTGTAGCAAAAACCCGgt.........................agAGCACCAAC : 2573 850 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA : 911 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2574 : TTCCGGGAGCCAGTGCAGCAGTTGACACAGGCCCAGGTGGAGCAGATGCAGCTGAAATACTA : 2635 912 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCTGAGTTCACCCGGAAG >>>> Tar : 964 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||++ 2636 : TAACTCGGACATGCACCGTGCCGCCTTCGTACTGCCCGAGTTCACCCGGAAGgt........ : 2690 965 : get Intron 6 >>>> GCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 1006 81 bp ++||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2691 : .................agGCCCTCAATGACATAAGCTGAATCCAGGTGCCACTGTGACACC : 2811 1007 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 1068 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2812 : ACCCGAGACCTCAATCGGATTGGACCAAGGATCTTCCAAGTTGTCTGGGGACCACCAGTCCT : 2873 1069 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCATGATGCTGCC : 1130 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 2874 : GGACCAGACTCCCAGATGACTCTTGCCCACCAACCAAGTGTTACAGGCCCCACGATGCTGCC : 2935 1131 : TGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 1192 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2936 : TGGCCTGGC----------CTGGCCTGGCCTGCCCTGCTGGGTGGACTCAGTCTCTGTCTGT : 2987 1193 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 1254 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2988 : CTATCTCTGTGGCGTTCAGCCCCACGCCTATACCAGCTCTGTACAGCACCGCCTATGCCCTG : 3049 1255 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 1279 ||||||||||||||||||||||||| 3050 : TGACCCAACAAAATACATGTGTATT : 3074 vulgar: MUSSPSYN 3 1279 + 4.143962167-143965267 28 3074 + 6137 M 8 8 G 0 1 M 231 231 5 0 2 I 0 253 3 0 2 M 121 121 5 0 2 I 0 313 3 0 2 M 93 93 5 0 2 I 0 709 3 0 2 M 154 154 5 0 2 I 0 322 3 0 2 M 230 230 5 0 2 I 0 81 3 0 2 M 123 123 5 0 2 I 0 77 3 0 2 M 176 176 G 10 0 M 130 130 -- completed exonerate analysis